mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTCCTTCAAAGGCTGCTGG AGGTGCCATTGAAGGAGAAAT CTCGATCAGCTCAACGGCAGATTCTCCTTCAAAGGCTGCTGGAAATCCACATACATTGCTGCACATTGGCCCATGCATGTCCTCCCTCAGGTGCCATTGAAGGAGAAATTTGTTGAATGTTCTGGAT CGGCCGGGGAATGGAAGTGATTAACACAAGAACCGCAACGAACGCTGGAAGTGATCGACACAAAGAGCCCAAGAAGACGAAGAAACGAAGGCATGATCCCCAGGAAATTCAGTCTTCGGCATTCAATCTTCTACAGCAGGAAAGCAACAGCTCCAACAACTATGGAGTGCAACCTCTGGGCAATCTTCTCTTCGACTCGGCTGCAGTCAATATTAGAGATGTGGGTCTGGGTACCCTCATGCTCTTCACGGACGAAACCATTTTAGAGATTTTGGGTTTGCTAGATGCCAAAAATTTGGGTCGTCTGGCGATGGCGAGTAGGGCCCTTTACGTTTTCAGTAATCAAGATTCCCTCTGGAGGGCTTTGGTCCTCGATCAGCTCAACGGCAGATTCTCCTTCAAAGGCTGCTGGAAATCCACATACATTGCTGCACATTGGCCCATGCATGTCCTCCCTCAGGTGCCATTGAAGGAGAAATTTGTTGAATGTTCTGGATTTCCTCAGCAGGCCCAATTCAAAGGAACTAGTGTCTGGGACAACAGACCGGGTCAATTTGTATGACAAATTTAGAAAAGCATATGAGATTCTTAATCCGGGTTCCATTGAAGAGCTAAAACACAAAGAGGAAGAGAAGAAAACAAGAAAGAAATCTGCGTCCTTTTGGGAGTGTGTTACTGATGCAAAAGTGGGAGAATTCAAATTTGGATCTTGAATTGAGACTTACTAACTCAGCATTCTGCTAGCAAGCTGCAATGTATGTTGGCCAAAATTTTGTAGTGTTCTATGTTGTCTATGAGGGACGGAGTTTGCTTGATGGAACTTCAAGTTGCATCTCCAAATGAGAATTCATAAATCAAAATTGGAGAGCTGTTTGATGATATGTGGTATATTAACTATTCTGACCCCCAGTTTTTACTGCAAGTCAATCAGCCTTGTGCAATGAGTGGGCAATAA 3 0 5' arm Pinus_taeda mirnest 100 100 -37.1 ((.((.((..(((((((....(((((((((((.(((..((((......((((.(((.((((.....))))..))).))))......))))..))).)))))))))))..))))))).)).)).)).. (-37.1)