mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTCTCGGTGGAGTTGGAAAA TTCCCCCTCTCCGAGACCCG GGCAAAACATGGATGTGTAGTGAAGGTCAAAGGTCTCGGTGGAGTTGGAAAAATTGTAACAGTTCACATATCCACATAGCATCAGATGACACCGTGAGTTACTGCCAGGTTTTTCCCCCTCTCCGAGACCCGATGACCTTAAAACTACATAACATCCCTG CATTTTACAGAGCTTTAATTACATCATATATATTTTAACTCATTGCACTATAAAAAACTAAGATCCCCGTAATGTCCATATATATTTGGACATCAACTAACAAAGGCATGAAACCTAACTTAACACTCTGGGCAAAAGTTAAAAAGATGAAAGAAACAAAGCCTTCTGCAAGGACAAGATCAAAGCCCGTGCACAGAAAAAGTGCATTCATACTGAACCCTGTGCTCTTTAATCAGCCAGTGTAAGTCCCACTGAATTATTACGTTGAGAAGAGCATCAGTGGTACTGTTAAGCTCTCTATGGAGATACAAGAAGGAAGTAATACTGAAAATTACCCAACATTGTTTTCACGGAAAAGAACATATCTAAACATAATTGTTTGATCCTCTTTCCAAGCCTGCTGCTTCATCAAAGTCTGCCTTGCTCGGCCATGCGAGCAGATCTGGAGTGGAACAGTGAAGGCAAAACATGGATGTGTAGTGAAGGTCAAAGGTCTCGGTGGAGTTGGAAAAATTGTAACAGTTCACATATCCACATAGCATCAGATGACACCGTGAGTTACTGCCAGGTTTTTCCCCCTCTCCGAGACCCGATGACCTTAAAACTACATAACATCCCTGTACAACCCCACAGAACAGAGCACAATGACTGGTTCTCCATGTTAACCGATGACTGACAACAAACCTCGGCCATGTGAGCAGATCTGAACTGTACCAGTGAGGGCAACATAGGGATGTGTAGTGAAGGCCAATGGGTCTCGGCGGGGTTGGAAAAACTGCAACAGTTAATATATCATACCGGATCAGATAAGATCATGAATTACTACCTAGTTTTCCCAACTTACCGAGACCAAATGGCCTTAGAACTACATGCCATCCCTGTAAAACCCCACAGAACAGAGCTTGATGACTGGTTCTCCATATTCATCTTCACATATTGTATGGCGTTGGGAAGGGATGCGTGGTGAAGGCAATAGGAATGGGAGGAGTAGGAAAGACTGGTGATATGAAGCAGCCTTAT 2 1 5' arm Pinus_taeda mirnest 100 pab-MIR3704 0.000008 -51.9 .......((.(((((((((((.(((((((..((((((((.((((..(((((((((....((((((((..........................))))...))))...)))))))))..))))))))))))...)))))))...)))))...)))))).)) (-51.9)