mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTTGGAGCTGTGTCAAACCC GTTGACATTCTCTTGCTTG CTTGATTATCTAGTTGGAGCTGTGTCAAACCCCAAGAAACCGTTTGCTGCCATTGTTGGTGGTTCTAAGGTGTCTTCCAAGATTGGAGTTATTGAATCCTTGTTGGAGAAGGTTGACATTCTCTTGCTTGGTGGAGGA CAAGGTTGTCTGAACTTCTTGGATCCGAGGTTACGATTGCTGGTGACAGTATTGGTGAGGAGGTTGAGAAGTTGGTTGCACAAATTCCAGAAGGTGGTGTTTTGCTTTTAGAGAATGTGAGGTTCCACAAGGAAGAGGAGAAGAATGATCCTGAATTTGCCAAGAAGTTGGCTTCCCTTGCTGATCTTTATGTGAATGATGCATTTGGCACTGCCCATCGTGCTCATGCTTCTACAGAAGGTGTTGCTAAATACTTGAAGCCCTCTGTTGCAGGATTCCTCATGCAGAAGGAGCTTGATTATCTAGTTGGAGCTGTGTCAAACCCCAAGAAACCGTTTGCTGCCATTGTTGGTGGTTCTAAGGTGTCTTCCAAGATTGGAGTTATTGAATCCTTGTTGGAGAAGGTTGACATTCTCTTGCTTGGTGGAGGAATGGTGTTTACCTTTTACAAAGCTCAAGGTTATTCAGTTGGGACCTCTCTTGTGGAGGAAGACAAGCTTGGTCTTGCAACTTCACTTATTGAGAAAGCCAAGGCTAAAGGAGTTTCCCTTTTGCTTCCAACTGATGTGGTTATAGCTGACAAGTTTTCTGCTGATGCTAACGACAGATTG 3 2 5' arm Pisum_sativum mirnest 100 100 -36.7 .....(((((.(((.((((..(((((((.((...(((.(((....(((((((....))))))).....))).)))(((((....(((.........)))...)))))...))))))))).)))).))).))))).... (-36.7)