mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTGTTTGGTTGCTGAGAAAT TTTCTCGGATGCTGAACGAAA ATCTGTTATTTTCTGTTTGGTTGCTGAGAAATCGCCGGAAAAATAAAAGAAACACAAAAGTAGCTTCTAATTTCTGGGTATGTTCTAGCGATTTTCTCGGATGCTGAACGAAAATTTCTAT CTCCTCTCTTGTCTTTCTCGTACAGGTAATTAATTAATTAATCAACTAAATTGTATCCGTTTGTCGCACGGTCATAAACATCTGAATCTGTTATTTTCTGTTTGGTTGCTGAGAAATCGCCGGAAAAATAAAAGAAACACAAAAGTAGCTTCTAATTTCTGGGTATGTTCTAGCGATTTTCTCGGATGCTGAACGAAAATTTCTATATTGAACCACTATAAACTCCCTTCCATTAAGTCAAAGAAGTTGTAGTATAATTAGGTTTGTTTATCAATTAGATTTATTTTTCTTTCGTTATACATCATGATTTTATAATTATAATTATTAGTTAATTTCTTAAGTTATTATTATTGTTATTATTGTGTGTGGAGGAAGGCTGTGCTATGAGAAGGTACAGTCCACCATACTATAGTCCTCCGAGGAGGGGATACGGAGGCCGAGGAAGAAGCCCTCCGAGAAGAGGATACGGTGGCGGTGGAGGAGGCTATGGAAGACGCAAGGAACAGAATCATGGTAGCCTTTTGGTTCGAAACATTCCGCTTGATTGCAGGCCTGAAGAACTCCGTGCTCCGTTCGAGAGGTTTGGGGTTGTTAGGGATGTCTACCTTCCTAAGGATTACTACACTGGGGAACCTCGAGGGTTTGCGTTTGTGCAATTTGTGGATCCTTATGAAGCTGCTGAAGCTCAACACCATATGAATGGGAAACGTTTTGCTGGGAGGGAAATATCTGTAGTCCTTGCTGCAGAGACAAGGAAAAGGCCGGAGGAGATGCGGCAAAGACATAGGTTTAGAGGAGGGTCGAGCTATGGAGGACCGCGATCATCTTATTATGGACGTTATCGGTCCCGTTCACTATCCC 2 2 5' arm Poncirus_trifoliata mirnest 100 100 -33 .......((((((.(((((((..((((((((((((.((((..(((..(((((..................)))))...))).)))).)))).))))))))..)))))))))))))...... (-33)