mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAAAAG GAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAAAAGAGGTTCTAGCAAGGGTAAATTGAGCTGCTGAGCTATGGATCCCACAGTCCTATGTATCAGATTTTAGGGTTTGTTTCTGATGATGATGATTATAGGCCTGTGGCTTGCATATCTCTGGAGCTTTATTACCCCTTAAGTTTTATCCTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACC CAAGATGTTAAGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAAAAGAGGTTCTAGCAAGGGTAAATTGAGCTGCTGAGCTATGGATCCCACAGTCCTATGTATCAGATTTTAGGGTTTGTTTCTGATGATGATGATTATAGGCCTGTGGCTTGCATATCTCTGGAGCTTTATTACCCCTTAAGTTTTATCCTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACCTCTCTACACACTACTCACTTTTTGTTTAATAAATGTCTTCTCCATTTACTCTAATTTTTTTTTGTTGTTGTTATTAATATCTTGCTTGATGCTGTAAATATTGTTGCATAGATTTTGTCTATTATTGTTTTGCAGGAAGCTAATACATTGCCAGAAAGCACTTGCCTTTTACTTCCGTAATTACAGTCTCAGCTGGCTGCTGGGAGAATCTGACACAAGGGTTTTGGAGCTTTAAGCCAAATATCCTGAACTCTCTCTTATCTTCCTGCTAAAGCTTGCCCTGACCACAAATAACACTCTTGACCTGTTTTTTTTTTTTTCAAAGACCCCAGCTTCTGAAAAACGGCGAAGGGACGACGTTTTGAACTTGAACCATCTTTATTAATTTCAACCCTGACCCCCCTTACGACGCCCGACCGAGCGCCCCATTGCAAAAAGGGGACGTCTTAGTTGCTTCGCAATTCTCAACACAAAAGCAGCAGAACACGCAGACACATACCACTGAGAGGCCGGCGGGAAGAACTAACACCATCCCCGGTACCAGCAGGGATCCCTGTATCAACCCCACTAAGACAAAACCAC 2 0 3' arm Poncirus_trifoliata mirnest MIR159 9e-19 csi-MIR159 7e-84 -73.5 ..((((((((((((..(((((((((((((....((((((((..(((.(((((...(((.((((....((((((.(((((((((((....((((((.....))))))...)))))..)))))).))))))....)))).)))...))))).)))..)))))..)))....)))))))))))))..)))))))))))). (-73.5)