mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTC GAACTCCTTGAAGTCCAAAAG ATGTTAAAGAGTGGAACTCCTTGAAGTCCAAAAGAGGGTCTAGCAAGGGTAAATTGAGCTGGTGAGCTATGGATCCCCAGTCCCTAGTATCACATTTTAAGGGTTGGTTCTTGATGAATGATGATTATAGGCCTGTGGCTTACTTATCTCTGAAACCTTTATTACCCCTTAAACTTTTTCCTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTCAGTTTCTACC CCCACGCGTCCGGGGTTATGATTGTTTTGGGGTTAGTTAAGCTAGGGTTTGACCGCCTGTTTGCTGTCGTCGTTTTTCAAGGATGGATCTTGAACTTTTGACTTAATTTGGTTGTTTCACATGTATATTATATGTTTATTTGTTAAGTTTAATTTCTAGCCAGGGTCTTTTCTTTATTGGTGGGTTGGTGGATATGAAAGTTTCTTGAGTGGTTTTGTAAATAGAAACACTGAAAATGTTTTACGGTTTATATGGATAGTCAGGATCTGTACAACATTCTTTGTGTATAGACTAGCTAACCAATTTGCTTAGGTTTTCTTATTTAATTTATGTTGATATTCTTTGTTTCGTGATGACTTGATAAGGGAAATAGGAAATAGGAAATACTGCTCGCAGTTTGATTGTTAGATAAGAATGTTTATGCATGCTCTTCTTGATCTAAGGTCAGGGAAAAAGGAGCCTTGGGCTTTTTGATTGGTTGGTGATCTTGGGGGATTAATTAATTGATTTGTGGCAAGATGTTAAAGAGTGGAACTCCTTGAAGTCCAAAAGAGGGTCTAGCAAGGGTAAATTGAGCTGGTGAGCTATGGATCCCCAGTCCCTAGTATCACATTTTAAGGGTTGGTTCTTGATGAATGATGATTATAGGCCTGTGGCTTACTTATCTCTGAAACCTTTATTACCCCTTAAACTTTTTCCTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTCAGTTTCTACCACTAACTCATTTTTTCTTAATAAATGCCTTCTCCATTACCTCAAATCTTTATTGTTTATGTGTA 4 0 3' arm Poncirus_trifoliata mirnest MIR159 0.0000000002 csi-MIR159 1e-29 -59 .......((((.(((.((((((..((((((((((((((...((...((((((...(((..((((((((((((..........((((..(((((((((..((((.....))))...))))).))))..)))).))))))))))))...)))...........))))))......))...))))))))))))))..)))))).)))....))))... (-59)