mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGTGCCCTTCTTCCCCATC TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA TAATTGTGGCATCATCAGCATGAGAAGGTGTGTGTAGAGCAAGATGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACTAACTCAACCGCACATACATCTACTAACAAAAATTAATTAATCCACACATTTTGAAGAAACCAAATCAAGAAGCAGGAGGCTCTTTCTGTTGTTATAGCTCAGTCATGAGTTGAGTTATTTCTTCATGTGCCCTTCTTCCCCATCATGACCGCGGCACCTTGTGCGTGTGTGTGTGTGTATCATCA CCCAAATCCACCATTTTCATTAACAGCTAGCCAGCCATCATCAGTCCTGAAAACTGCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTTCTTTGAATATAATTGTGGCATCATCAGCATGAGAAGGTGTGTGTAGAGCAAGATGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACTAACTCAACCGCACATACATCTACTAACAAAAATTAATTAATCCACACATTTTGAAGAAACCAAATCAAGAAGCAGGAGGCTCTTTCTGTTGTTATAGCTCAGTCATGAGTTGAGTTATTTCTTCATGTGCCCTTCTTCCCCATCATGACCGCGGCACCTTGTGCGTGTGTGTGTGTGTATCATCAGGGATCAGCTCAAGATCTGAATTTCTTCTTAGCAAAATTCATGTGCCAATCTAAAGCCTACCAAAGCCGCAAAGCTCGCCATTTCAGGACATGAAGCTTTTCGAGGCCTAAGAAATAAGGACAGGAACGAATCTGGATATTTAAACTGGTTTCTTTTTATACAGATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATCATTATTATTATTTGCTTAGTAGCTTAGTATGAGATTAGTAAACTTGAGGACACGTTAAGGAACTAAAGCATAAATTCCCAAGAAAAGAGATTACTTAAGGACATGATCAATTAAGATGCTAAGAGAATTGGTACCACCACCGAGGAGGCAGTTCAAGAAAACTACAATACCGCACACAAGTCTATTTAATCTCTGGCATTTCTCCTCACA 2 0 3' arm Poncirus_trifoliata mirnest MIR164 0.000000000000001 ctr-MIR164 9e-118 -63 ....((..(((((((..(((((..((((((((((.....((.(((((.((((.((((((((((......(((((((((((.........(((.((((((...........(((.....((((((..........))))))....)))...........)))))))))........)).)))))))))......)))))))))).)))).))))).))..))).)))))))...)))))..))).))))..))... (-63)