mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA CATGTGCCCTTCTTCCCCATC GTAGAGCAAGATGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACTAACTCAACCGCACATACATCTACTAACAAAAATTAATTAATCCACACATTTTGAAGAAACCAAATCAAGAAGCAGGAGGCTCTTTCTGTTGTTATAGCTCAGTCATGAGTTGAGTTATTTCTTCATGTGCCCTTCTTCCCCATCATGACCGC CCCAAATCCACCATTTTCATTAACAGCTAGCCAGCCATCATCAGTCCTGAAAACTGCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTTCTTTGAATATAATTGTGGCATCATCAGCATGAGAAGGTGTGTGTAGAGCAAGATGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACTAACTCAACCGCACATACATCTACTAACAAAAATTAATTAATCCACACATTTTGAAGAAACCAAATCAAGAAGCAGGAGGCTCTTTCTGTTGTTATAGCTCAGTCATGAGTTGAGTTATTTCTTCATGTGCCCTTCTTCCCCATCATGACCGCGGCACCTTGTGCGTGTGTGTGTGTGTATCATCAGGGATCAGCTCAAGATCTGAATTTCTTCTTAGCAAAATTCATGTGCCAATCTAAAGCCTACCAAAGCCGCAAAGCTCGCCATTTCAGGACATGAAGCTTTTCGAGGCCTAAGAAATAAGGACAGGAACGAATCTGGATATTTAAACTGGTTTCTTTTTATACAGATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATCATTATTATTATTTGCTTAGTAGCTTAGTATGAGATTAGTAAACTTGAGGACACGTTAAGGAACTAAAGCATAAATTCCCAAGAAAAGAGATTACTTAAGGACATGATCAATTAAGATGCTAAGAGAATTGGTACCACCACCGAGGAGGCAGTTCAAGAAAACTACAATACCGCACACAAGTCTATTTAATCTCTGGCATTTCTCCTCACA 4 0 5' arm Poncirus_trifoliata mirnest MIR164 8e-16 ctr-MIR164 8e-105 -44.7 ......((.(((((.((((.((((((((((......(((((((((((.........(((.((((((...........(((.....((((((..........))))))....)))...........)))))))))........)).)))))))))......)))))))))).)))).))))).))..... (-44.7)