mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATCATCTGGCAGTTTCACC TGAAGCTGCCAGCATGATCTGA ATATTCGTGCACTAGTAGTAGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTGAACTTTCCTTGACCTCCATCTCTAGGGAAAGGCCAGATCATCTGGCAGTTTCACCTATTGATGGTAGCATGGCC ATCAGACGAAAATGAAGAGAAACTAAGGCAAAAAAGAAAATTTCAGAGGTTGAAAACACGGCGATTCTATGACGAAGCTTATAATCATCGTGTCATATTCGTGCACTAGTAGTAGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTGAACTTTCCTTGACCTCCATCTCTAGGGAAAGGCCAGATCATCTGGCAGTTTCACCTATTGATGGTAGCATGGCCAGAAACCCTAATTTCTTCTCCTCCGCCAGATCGTTCTCAACAAACCCAGTAGGTTTTGGCAGATGAAAAACCCTAGAAACAGTTTGGGCAACGATTCTGTCCAACATTTTCAAGATCTTCAGTGTCACCCATTCGAAACGTCACCTATTTGTTTCTCATAAAACTACTTCGAGGGTTTTCAGGTAGTTTTGTCTTGATTCTTTCAAGAGTAAGAGAAGACGTACGGTTTGTGGGCTTCTCGATAGAGTTTGTTACATGCCATTAATGGGGAGAGTTTGCTCGTTGCTCATGGAACTTCAAGAATTTGGCCTCATTGTGTGGCCATTATTATGCATGATGCTTTAAAATTTTGGCATCATGAGCGTTTTGGCAAAAGTTGTGAAGCAAAAGCCAAGAGCAGAGCAGAAATAGTTTAATTTTAAAGTTTATGGTAAATGTTGATATAAACTTGCCTAAACAAGGATTGCATATGATAAATAAAGAGAATCTTTAATTTCTCTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG 1 1 3' arm Poncirus_trifoliata mirnest MIR167_1 0.0000000000001 ctr-MIR167 5e-62 -53.5 ....((((((((((.((((((.((((((((((((.((((((((..(((((((((...........)))))))))..)))))))))))))))))))).)))))).)))).)))))).. (-53.5)