mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCCA GGAGCTTTCTTCGGTCCACTT TTTGTTGATTTTGATTAAGCTGGGAGCTTTCTTCGGTCCACTTATGGGTGGCAATAGGATTTAATTAGCTGCTGACTCATTCATCCAAATACTTAGTAAAGGGTCGAAATGGATACCCAGTAAATGAGTGAATGATGCGGGAGACAAATTGAATCTTAAGCTTCCTGTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCATTGCTCGCTAATCTTATCC GCCAGTGATAGTACCAGCCAATAAAAAGCTCTCTCTTCTCCATCTTCGCCATTGACATTAGTTTTATACCCCTTTGTGAGAGATCTCTTCTTCTCTTTCCTTTAGGGTTTTTTTTTTCAGCAAGGCCCATTTTCGTGATCTGTACTTGTGAAATTAGCACAGATCTGCATATCATTAGGCAGGATATACGTGGATAAGGTTCAAGAAGTTTTTCTCATTGTATTGTATGTCTTTTTTTCAAAGTTTGTTGATTTTGATTAAGCTGGGAGCTTTCTTCGGTCCACTTATGGGTGGCAATAGGATTTAATTAGCTGCTGACTCATTCATCCAAATACTTAGTAAAGGGTCGAAATGGATACCCAGTAAATGAGTGAATGATGCGGGAGACAAATTGAATCTTAAGCTTCCTGTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCATTGCTCGCTAATCTTATCCATATTATAGTTTAATTATATCTTTATCTGTTTAATATTCTTTATTTTAAAATTACCTAGGCACTCTATAAATATATATATGCTAGCTACTGAATAATTATGCAATTGTCATTACTGAATTAGTAAAATACAGCTTTTACTTATCCACTGAATTTGTTTCATTCTTAATAGATTTCGAGATCATAGCTCAACCCTTCCTGTGGTATTATGTGAAAGACTATGCATGTTCTCAAAGTGCTATTGATTTTTTAAAATTTGTTTATTTGAATAAATTGTATGTATATGTATTATTTTATGGTCTTTTCTATTAATTAAATCGTTGAGCGGTAAAGATATTCTGGATAATTAATCATTATTTTTTGGTTTGATTTTTATGGATGGAATTGATTGCTAACCATTGTTTCCCTTTCTTGAGTGATTATTTGTGGGCAGCCTCAAACTTTTGAAAATTAGCCCAGGGCTTTCGCCTTTAGGGTTTTTG 2 0 3' arm Poncirus_trifoliata mirnest MIR159 9e-50 ctr-MIR319 6e-103 -74.5 ......(((...((((((((.(((((((((((((((((((..((((((.(((..((((((((((((..((.(((..((((((((.((..((((.......((((..........))))))))..)).))))))))..))).))...)))))))))))).))).))))))..)))))))))))))))))))...)))...)))))..))). (-74.5)