mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGGGAGCGTGGGGTAAGAA CTTCCCTATGCCTCCCATTCC ATTGAAGCGAGGAAGTTTTGGGAGTGGGAGCGTGGGGTAAGAAGTGAAGAAAACGTATAATTTTTCTTTTCTTTTTTAATTGAGAAAGAAAATTACAAATTCAATTTCTTCCCTATGCCTCCCATTCCTATGATTTCCTGCAGTTCC ACACATAGTTGTGTTGTGTGTTTGTGAATCTAAAAACAGAGGAGGAGGAGAGGAAGATTGAAGCGAGGAAGTTTTGGGAGTGGGAGCGTGGGGTAAGAAGTGAAGAAAACGTATAATTTTTCTTTTCTTTTTTAATTGAGAAAGAAAATTACAAATTCAATTTCTTCCCTATGCCTCCCATTCCTATGATTTCCTGCAGTTCCTTCCTCTCTTTATCATCTCTTCGTCGACTTTAGGAACCGTGCTTGATTTCTTCAGTTCAATTTCTGTCATGGCGGGGAGATGTAAAAGACAGGGTTCGATGATGGCGCGTCGTTTATAATGTTTTATGGCAACGACATGACATTTCATTTATAAATATGCAGACGACATGACATCTTTATGTTTTATATTCCTCCTCCTTACATCTGTGATTTTCAGTGATAGTTTCTGAAAGTGTTTTTATAAATTAACAGTTTACTTCTTGGTCAAAATATATGTTAAACAGCTTGTAGGCTTTTGTAGCCGTTTTTGGTTTTGTCAAATCGAATTGAAAAAACTTCCTAATATTTGGATTTCCAAAAAANNNNNNNNNNNNANNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG 0 2 5' arm Poncirus_trifoliata mirnest 100 csi-MIR482a 7e-34 -54.4 ......((.((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((...(((...(((....((((((((.(((........))))))))))).)))...))).)))))))))))))).)))))))))))).))))))))))...... (-54.4)