mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAGAGCATGGATGGAACTA GCTCCTCCCATGCACTGCCTC GAGACAAAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAACTATTAACAGGTTCCCTGTTTTGGCTCCTCCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTGCC GAGGCCCAGGTAAGGTTTTTGAGGGAGTGAGACAAGAGCCGGACTCTGAGACGGCAAATGGTTAAGGGGTACGAGGTAATAACTCTTTGGTGTGTGCGTGAGAGAGAGAGAGAGAGGCAAGAATCAAGAGACAAAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAACTATTAACAGGTTCCCTGTTTTGGCTCCTCCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTGCCTTCCTCGTCTTTTTCCCCTCTCCATTTACTTTTTCATTTCTGTTGTCTTGGCATTCATTTATTTGATGTTATCTGCAATTTTTACTTACTTTTGTTATAACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTATATTGACATCTTTTTCGACAAATTTGTGACCTTTTTCATTGTTGAAAATCTAGCAACCTAATTAAAGATCATGCAGCAGAGGGTGTGAATGCGGCTATAATGATTTAATTATGGCTTCAGCCCCAGCAGCACGGCGGCCGAGATACTTTCTTGTTAAGGCCTTTCTTTTGTAACAAATTAATAAATCGTGTAGAATAATAAGGTAGCAGATTCTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTCTAGTCAAATTAATAATTGTAGATCTTAAATTGTTTCAAACAACATAATAATAAAATGTGCACTTAAAAAAAGAAAATTTTGGCATCAAAAAAAAAAAAAAAAA 4 0 5' arm Poncirus_trifoliata mirnest MIR408 2e-18 csi-MIR408 1e-46 -46.5 ((((.......(((((((.((((((.((((((..(((.(((..((((((...)))))).))).)))..)))))).)))))).)))))))..)))).... (-46.5)