mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGCTGGCTGGCTCGAAG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC AAAAGGTGTGTGGGTGTGTTGAGGGGAATGCTGGCTGGCTCGAAGCTTAAGCAAAGAGTATCCTAACATGAAACAACTGTTAAGGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAACATACAAGNTTATTTT GGATCCAAAGAATTCGGCACGTCGCCTCGTGCCGAATTCGGCACGAGGGAAAAGGTGTGTGGGTGTGTTGAGGGGAATGCTGGCTGGCTCGAAGCTTAAGCAAAGAGTATCCTAACATGAAACAACTGTTAAGGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAACATACAAGNTTATTTTATGCATTTCATGTGCAAATTCACCAGTTATTCCGTTACATCTTTCTTTCTCTCTTTGCTTATTAGAAGATATAGCACGAGTTCAGTTTCGTGAGGGTTAGGTTGAGAGGAATGTTGTCTGGTGCGAGGTCATTGAGGCCATGATTATAGAGACATGGGATTACCTGATGACAGCCGAGAAAATTCAAAGTCTGAGTGTATCTTGTACCGCGATGATTCTCGGACCAAGCTTCATTCCTTCCAACAAACATTTGCTACAATTTCTTTGCTTGCCATCTCATGATTCTCCTAACTACAATTCCATAATATCAACTTCGGGTTGCTAGCTTAGCTTTACTGTTAGTTCCATCTCAACTATGTGGTCAATACTCCTAAATACAACAAAGGGTCTTCTCTTGCTTGTTTCTCT 2 2 5' arm Populus_deltoides mirnest mir-166 3e-33 ptc-MIR166f 4e-50 -46.5 ..((((((.....(((((((((((((((((..((((((.(((((((((.((((....((.((.......)).))...)))).))))))))).))).))).)))))))))).))))))).....)))))) (-46.5)