mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAATAG GATGAGTGATGGATTGTGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAAGCTCCTGCTGGGTAGATCGAGCTGCTGAGCTATGAATCCCACAGCCCTATCACCATCAGTCATTTTGATGGGCCTGCGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTATTACCTAATGTTAGATCTTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTAAACCTTTGATCTTTTCAGCC GTTTCTCTTTCTTCTCTCTGTAGATTTGCAGGTGGCTTCAACTATGAAAACTTAGGAAGTGCGTTTAGATGTCTAGGGTTAGGGAAGAGAGAGAGATACGTTGAGGTCATACAGATCTGTAACTTTATGCGAAATAAAACTGGGATATAGTGGTTTAACGTGACATCTATGTATTTACTGCTGTTTGTTTGTTGTTGGTTTGTCAGGAATGGGTTAGGGTTTCGATACCGTGTATTTTCAAAGCTGAGATGAGTGATGGATTGTGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAAGCTCCTGCTGGGTAGATCGAGCTGCTGAGCTATGAATCCCACAGCCCTATCACCATCAGTCATTTTGATGGGCCTGCGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTATTACCTAATGTTAGATCTTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTAAACCTTTGATCTTTTCAGCCTTCTGCATCTTAAAATCTTTTTAGCTTATTGCTTTTTGGCAGTTTTCTCTTGTACAAATTCATTAACGCTGTTTGGAATATTTTATCTGCTTAAAGTACTTCGTTTTCAACTCTTTGCCTTGACCATGCTTTTCCGTTGCAGGGAACTGATTACTTGAGTTGAAGCACTTGG 3 0 3' arm Populus_nigra mirnest MIR159 1e-76 ptc-MIR159b 1e-88 -75 ..((((....((((((.((..(((((((((((..(((((((.(((((.((..(((((((((...(((((.(((((.((((....((.(((.(((((((.............))))))).))).))....)))).))))).)))))..)))))))..))..)).))))).)))))))..)))))))))))..))..)))))).))))... (-75)