mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAACCGAACCGAACCGAAAA TCCGGTTCGGTCCGGTTCTGG GGGTGAGCATTTCCGGTTCGGTCCGGTTCTGGGTCAAAATAAATAACAAAATCAAAATTATTTTTTTTCAAATTTTTGAACCGAACCGAACCGAAAACTAGTTCA AACTTGATATAGTTCAAGTCCCGGATCAACCTATTAAGTTAGTAATGGTTTTATAACCGGGGTTATTATAATATTATTAATTTAAACACTTAATATACAACAAAGTAAAAAAAATAAATAGCGAATTGTTTTTAAAAAATATATAAGTTTGATAACAATACATATTAAAGGTAAAATAAATTTTTAATATTTTATTATGTCATTATCTTGTACATAGGGGTGAGCATTTCCGGTTCGGTCCGGTTCTGGGTCAAAATAAATAACAAAATCAAAATTATTTTTTTTCAAATTTTTGAACCGAACCGAACCGAAAACTAGTTCAAACCGACCAGGTTCGGTTCGGTTTTTTTCCCTTCCAAACCGGTTATCGGTCTCATCGGTTCGCTAGCTTGAAAATCTATGAAATGATGTCGTTTCTGTAC 3 0 3' arm Populus_nigra mirnest 100 100 -30.8 ...(((((.(((.(((((((((.((((((.((((.((((.((((((...........)))))).))))...))))..)))))).))))))))).)))...))))) (-30.8)