mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA ATTTACTTACCGGCGGTCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGATGGCTCGACATGACTGGTTGTTGTGGAAAAAGAAAAGGAAGGAAATAGGAAAAAAAAAACAAAGAATAGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGGCCGCGGTGAAGCAGA GGTCTATAACTAGGGTTGGTTTTTTGAAATAATAATAAATTCAGAAATGGCTAAGTGTATTTTTAGTCGTGTGTGAAAACCGATCAGAGAAGGAGAGACGATTTACTTACCGGCGGTCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGATGGCTCGACATGACTGGTTGTTGTGGAAAAAGAAAAGGAAGGAAATAGGAAAAAAAAAACAAAGAATAGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGGCCGCGGTGAAGCAGAAGCCGCCGCCTAAGAAGCTGGATCTCTAAAGCGTGTTTTTTATATTTCAATCGGATCTCAGGTCTTATCTTATTATTTTTTATTTCTATAAATCTTGAATTCATTTCTTACACCTACAGAAAATAAACAACTATAGATCTTGCGTTTCTTTTGGCTGAATCAAATCAAATTGAATAAGTGTTTCTTTTAGCATCTTAATTCTCAATTTAATTTACGAATTTAGGCTAGAAAACTTTTTTCACTATTTTTTATTTTATTTTAGAAAAGTCAAGGCTTTGCTTAAAGCTACTAAGCTGTGAAATCTGGTTAGCAAATTAATCTTATCATCTATTCTGTGAGCTGCTGGGATTTGATTGTATTCTAGC 2 0 3' arm Populus_nigra mirnest MIR168 2e-75 ptc-MIR168a 2e-65 -66.565 ......((((((.((((((((((((((.((((((((((.(((((.((((((((.(.((((....((((((((......)))..)))))..((((..................................)))).)))).))))))))).))))).)))))))))).))))))))))))))))))))...... (-66.565)