mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTGAATTGAAGGGAGAAATA TTTTCCCCTTGAAATCCGCCC CTCTCTCTCTACAAATCTCATATTTTCCCCTTGAAATCCGCCCCCTGTCTTGAATTTTCAACACAAACTTTTCCCTCTTTTTCATACATTTGATCGAATTAGGGAATAAGCAACAAAAGCCCCAACAAATTCGGGTTCAATTTCGTTTTTGTTGTTTTTGAATTGAAATGCTAAAGAAATTAGGTTGAATTGAAGGGAGAAATAGAGATGGTGGTGAGGAAAG CTCTCTCTCTCTCTACAAATCTCATATTTTCCCCTTGAAATCCGCCCCCTGTCTTGAATTTTCAACACAAACTTTTCCCTCTTTTTCATACATTTGATCGAATTAGGGAATAAGCAACAAAAGCCCCAACAAATTCGGGTTCAATTTCGTTTTTGTTGTTTTTGAATTGAAATGCTAAAGAAATTAGGTTGAATTGAAGGGAGAAATAGAGATGGTGGTGAGGAAAGTTGGGAAGTATGAGGTTGGGAGGACGATCGGTGAAGGAACTTTCGCGAAGGTGAAGTTTGCTCAGAATACAGAGACTGGTGAAAGTGTTGCTATGAAAATTCTCGATCGAGCTACTATAATTAAGCATAAAATGGTGGATCAGATCAAGAGGGAGATATCTATAATGAAGCTTGTTAGACATCCCAATGTTGTTCGGCTGCACGAGGTATTAGCTAGTCGCACAAAAATATACATAATCTTGGAGTTCATCACAGGCGGTGAGCTATTTGATAAAATTGTCCATCATGGACGGCTCAGTGAAGCTGAATCTCGAAGATACTTTCAGCAGCTCATTGATGGTGTGGAGTATTGCCACATTAAAGGAGTATACCATAGAGATCTGAAACCAGAAAATCTTTTACTAGATTCCCAGGGAATTTGAAAAATTCAGATTTTGGACTTAGTGCGTGGCCTGCAGAGGTGTCAGCCTCCTCCG 4 0 3' arm Barnadesia_spinosa mirnest 100 100 -55.9 .((((...((((..(((((.((((((.(((((.((.((.(((.....((((....((((((..((((...((((((..((((((......)))..)))..))))))..(((((((((((((((.........))).........))))))))))))))))..)))))).....)))).....))).)).)).))))).))))))))))).)))).)))).... (-55.9)