mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCATTTGCACCTGCATCTT GGTGCAGGTGCAGGTGCAGGT ATCTCATGCATGCCAATATGTTGCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTTTGCGTTTGTTTTGTTTTTGACTCCACAAACAAAATCAAGTTCTGTCGATACAGTATGTGGGACAATTAGATATAGAGTGTTAGATATGGAAACTAATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAGGTGCAGGTGAATGCCATTTTGGTAATGTTTTCACT AAGTAAGAACAAGAGATGCCAGTCTCATTGTATATAATACTACTAGTTATAGAGAGTGAGTGACAGCTAGTAGCTAGCAGTTGTTTGATATAATATGATAAACAGGCTGCAGGTCATACAGACATCTCATGCATGCCAATATGTTGCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTTTGCGTTTGTTTTGTTTTTGACTCCACAAACAAAATCAAGTTCTGTCGATACAGTATGTGGGACAATTAGATATAGAGTGTTAGATATGGAAACTAATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAGGTGCAGGTGAATGCCATTTTGGTAATGTTTTCACTCACATATATATACAGCAGTGCTGCCTCTTTTCTTTTCATCTGTCTGTGGTTAATTTGCAGTTTCATGGTGGCAGAAATATTGTACTGGTAATCATCAAGGAGAAAGGGCAAGAAATTCTTGTGCTTATTAATTAACTATGAGAGCAAATTAATGTGTTTTCAACAACGACAGGCCATGTATAAAATTCTTTATGCAGGTGCTTGGTGTTTATAGAGGTGATGATGAATTGAAGTGATTGTGCAGCCACAATTCAGTGGATGTGGAAGAATACTTCAAGGGTTTTCCAGTAATCTTTGAATTAAGTACTTGGAGGACAGATCATCCATGATCAATATGCAACAAGGCGCCTGTGCTAGATATGTAGATCTCTTGATCTTCCATTAATTTGAAGCTAGGGTTTTCAAGGTAATATATATAGAAAGTACATTCCCTCTCTGCATCCCACCCTCCCTCTCTCTCACTGTCTCCCTCTCTCTCACATACAGGCAGTACCATTGCCAAATAGGAGGAACATCCATTCTAAGTTCTAATGTTGACATTCGTTGTTCTA 0 0 5' arm Populus_nigra mirnest MIR530 3.0E-71 ptc-MIR530b 2.0E-72 -66.2 .......(((((((((.(((..((.(((((((((((((((((((((((((((((.(((((((..(((((((..((((((.((...(((..........)))...)).))))))...(((.(((((...))))).))).))))))).))))))).)))..)))))))))))))))))))))))))).))))).))))).))))....... (-66.2)