mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCACATTCGGTCAATGTTC ATATTGACCGAATATGGATG GTTTATCACTTGAATATTGACCGAATATGGATGAAAAGTTGTTCTCTGTTTCCTTTCCTCCACATTCGGTCAATGTTCCAGTGATGGG GAAGCTTCGTGTAGCTCTTTTCCGCCTAAAATCCAAAAGAGAAATAAGCCGGTTACATTTCATTGATGGCTGGCTAGACACAGGATTTATCAGATATTTTTTGAGTTTATCACTTGAATATTGACCGAATATGGATGAAAAGTTGTTCTCTGTTTCCTTTCCTCCACATTCGGTCAATGTTCCAGTGATGGGCATGAATGGTCTGAGTTTTGCCAGTTTGAGCTGAAATGGCTAACTCTAAGCTCGTGGCCCAGAAATCCTAGGTTTGCCACTCAGGAGTATCGGCTGCAGATCCCTTTCATAACACTGACTGCCGTCTTTACAAAGAATTGGAAACTGAGGGGATAAGGAATTGAAGAAAAATGGCAGACCGAAATTTCCCCTTTCTTGACACACACACACACACACACACACACACACGTTTATATACATACAAACATACATATATTTATATATAAGACAAAAGTTTGTGCCTGCAATAAAAGAAGTGAAATATCGGGCTTGACAGTCTAATATTGCTTTCTTGTCACTTGATATAGAAAATTTTCAGTATTTAAGATTTTGGTCACAAAGCCTTTCAAGAACTCTGCCAGTTTGAGTTCTGCAGGAAGTCTCCAAGAGCAAATTTTATGTGACGGTGATTTTAA 1 0 3' arm Populus_nigra mirnest MIR1444 4e-37 ptc-MIR1444a 6e-39 -36.8 ..((((((((.(((((((((((((((.((((.((((.................)))).)))).))))))))))))))).)))))))). (-36.8)