mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAAAGGGATCGCATTGATC TCATGCGATCCCTTAGGAAT ATCAATATCCTTCTTAGTGCAGCTGGAGTGTTCCAAAGGGATCGCATTGATCTAATGACTCTCGATGTCTAAATCATATTAATGTTTAGTCTTTTCGTTGGATCATGCGATCCCTTAGGAATTTTCCAGCATTCAGCTCTAAATTTCACC TTGGTGTTTCCATGCGCTAGCTGCAACGAAGAGCTCCTTTATCATTTAGAATCGACAACAAAATCCTGAGCTCTTCAACCGTTTCGAAATCAATATCCTTCTTAGTGCAGCTGGAGTGTTCCAAAGGGATCGCATTGATCTAATGACTCTCGATGTCTAAATCATATTAATGTTTAGTCTTTTCGTTGGATCATGCGATCCCTTAGGAATTTTCCAGCATTCAGCTCTAAATTTCACCATGTTTTCAAGGTAAGCCAACACAAGCTTTGTATGGACATGTTTTCCCTTCTATATATGTTTTTACAGTTTAGTGGTTTTGATTTCTTTTAATGTTTGAATTCAGTGTTAAGTCTTTATCAATATATATAGTAGCAAAATTAACTCAGCTAACTGTTCAACAGTGAGTAGGTGATCTCTTAAAGGGCAGTAGTAATAGCTTGACCCTTTGAAGGAAATAGTAGAATAGAGATCCCCCCCCCCCTCTCTC 1 1 5' arm Populus_nigra mirnest 100 ptc-MIR393c 1e-53 -51.8 .............((((.((.(((((((.(((((.((((((((((((.((((((((((..........(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))))))))).))))).))))))).....)).))))........ (-51.8)