mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACGGGGAACAGGCAGAGCATG CAGATGAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTACTAACAGAAGTACTTGTTTTGGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGC ATCACCCAAGGGGAAGCGTGTTCCAAAACTTTGTTGTAAGCTATTTTTTCAAGGAGAAGGCTGAGGCTTTGAGAGGTTAATTTTGGTGGCAGTAGCTGGCATGGTATGGAAGCACAATGAAAGGTGAAGGTACGTAAACAGGGATCGTGGGGAGAGGGAGCAGAGACAGATGAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTACTAACAGAAGTACTTGTTTTGGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGCTCTTCTTTTTCTCCTCCCTTCTTTTGTTTCCATAAACTTCTTTTTTTTTTTCCGTCACTTAATTTAGAACTGTGATAAGCGATATATAGTAGCAGCAGCTGCACTTTATTCAACAAGAAGAAAAAAAATCGTCCTGGTACTGACCATTAGTGATTTATGACATCATTGTATTAAATGCTATTTATTTGTTTCTCTTTTTAGCCCTAATCTTTCTGCAGAGAAAATAATCCATATGATCGAAATAACAAATGTATGTAGGAAGCCTTTTTCGCTTCCACCGTAGTGAGTTCAGCACCATCGATCAGAGGCTTCATTGCTAGGGACAGATTTGTACAACTATTCCTTCTTTGTTTACGTCCAAAC 3 0 3' arm Populus_nigra mirnest MIR408 1e-49 ptc-MIR408 8e-51 -46.9 ......(((.(((((((.((((((.((((((.((((((((..(((((......))))).)))))))).)))))).)))))).))))))).)))..... (-46.9)