mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATCTTCT AGGATGATGATGGTGAGTTGATG TACCGCAAGCCTTCACTTCCATCATCATCATCATCATCTTCTTCTTCGTCGTCTAGAGCAATCCCATTAATTCCAAGATCACCTCACGTGGCGGAATACGCGTCACAGTCGGTGCCGATAAGGAAATTGAACCAGTCGGCCCCGATGAATGTGCCGGTGTTGTCGATTGCAATGGCGAAACAGAGGAATAGCAGGTTTAAGGAGGATGATGATGGTGAGTTGATGGAGAATGAGGAGATGTTG ATTATTAATTTTCCATCAATTGAAAAAAATCGGATGGACCCCGCCTCCCGTTACCGTTTCCTCGGCATCCCCTCCTCCACTTCCTCCTCCTCCTCCTTGGCCGACGGAAACGGTGACAGTAACGGTAACGGAGATGAGCTCAACGAGGATGATATTCTCTGGACCAACGATTACACCGATCAAAGCCTAAGCAATTCCAACTCCTCCTCTCCAACAACCACCTCCGCCAACAACCTCCAACGTAAATCTAACCACCTCACAGCTTTCCCTAAGAACTCGGGCATTCTCGCGGCGTTACCAGAAACCAACCACAACACGGTTCTCTACCGCAAGCCTTCACTTCCATCATCATCATCATCATCTTCTTCTTCGTCGTCTAGAGCAATCCCATTAATTCCAAGATCACCTCACGTGGCGGAATACGCGTCACAGTCGGTGCCGATAAGGAAATTGAACCAGTCGGCCCCGATGAATGTGCCGGTGTTGTCGATTGCAATGGCGAAACAGAGGAATAGCAGGTTTAAGGAGGATGATGATGGTGAGTTGATGGAGAATGAGGAGATGTTGCCGCCTCATGAGATTGTGGCAC 0 2 5' arm Populus_nigra mirnest 100 100 -78.1 ....(((..((((...(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((....((((((....((((.((.....(((.((..((((((.......)))))).(((((.((((((..((........)).)))))).)))))))..)))..)).))))..))))))...)))))....))))).............))))))))))))))))))..))))))))...))))...))).. (-78.1)