mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTATAGGTGGAGTTGGAAGT TTTCTCCTCAGTCTTGTGCTTT TTGCAATCGTTGGTATAGGTGGAGTTGGAAGTGTTGCGGCTGAAATGCTCACTAAATGTGGCATAAGTCGGCTTTTGCTTTATGATTATGACACAGTAGAATTGGCTTACATGAATAGGCTCTTTTTTCGTCCGAGCAAGTTGGTATGACAAAGACTGATGCTGCTGTCCAGACTCTATCAAATATAAATCTGGAGTTGGACTTGGAAATTTTACATGGATTTAACCACAGGGAAAGCTTCAAAACTTTCTTTCTAGTTTGAAAAGAAAACTTCCGGCCAAAAAAAAGGTGGGGGGTGACTTTGTTTAATTGGGCACAATTATAAGAAGGAGGCCGAAATCGGCTGCATGAATTAACCAAATGATGGGTCTGGGTCTCTAAAATCGGTCCGGCTAAACATTGTTATTCAGAAAAACACGGTTTGCGGGTCCCCCTCGGTGGGGCCGAGTTAGACGCCCTTAAGTGAGGGGTTGTTTCCTCCCAAAAAGGGTTTTTGGGGCTTTTTGTAAAATAAATCCCGATTGAAGTCCCGCTGGGTATTTTAAAATTTCCCCGAAAACCTCATTTTATCCCGTGAAAAAATATTTAATCTTATCTCAAAAGAATCTTTTGAACCTTTTATTAAGTTATTTCAATCATTGCTTTGTTTTCCTCAATACTTAAGGGTGTTTCCAATATCTTTATTAAGTCCTCATTTTCTCCTCAGTCTTGTGCTTT GCACGAGGCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCTTTAGGTCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTCGAGACTAGTTCTCTCTCTCCCTCGTGCCGAATTCGGCACGAGGAAATTTCAAAGAGTTGAACATTTACGGAATCATGGAGGCAGAGCTGAAAGAATTGCTTAACGATCTCGAAGATGTCAAACGATCTTTTCATGATTCATCTCTTCATAATTCCATCGATCGGTTGCGACTACGAGTGGAGCATCTTGCTAGCCTTGCAGAGTCAGCACCAGTCCGACGTTCCAAAGTCAAGGATATGAGTGCAGAAGTTATAGATAGCAATCCTTACAGTCGACTAATGGCACTTCAGCGAATGGGTATTGTGGCTAATTATGAAAGAATACGGGAATTCTCAGTTGCAATCGTTGGTATAGGTGGAGTTGGAAGTGTTGCGGCTGAAATGCTCACTAAATGTGGCATAAGTCGGCTTTTGCTTTATGATTATGACACAGTAGAATTGGCTTACATGAATAGGCTCTTTTTTCGTCCGAGCAAGTTGGTATGACAAAGACTGATGCTGCTGTCCAGACTCTATCAAATATAAATCTGGAGTTGGACTTGGAAATTTTACATGGATTTAACCACAGGGAAAGCTTCAAAACTTTCTTTCTAGTTTGAAAAGAAAACTTCCGGCCAAAAAAAAGGTGGGGGGTGACTTTGTTTAATTGGGCACAATTATAAGAAGGAGGCCGAAATCGGCTGCATGAATTAACCAAATGATGGGTCTGGGTCTCTAAAATCGGTCCGGCTAAACATTGTTATTCAGAAAAACACGGTTTGCGGGTCCCCCTCGGTGGGGCCGAGTTAGACGCCCTTAAGTGAGGGGTTGTTTCCTCCCAAAAAGGGTTTTTGGGGCTTTTTGTAAAATAAATCCCGATTGAAGTCCCGCTGGGTATTTTAAAATTTCCCCGAAAACCTCATTTTATCCCGTGAAAAAATATTTAATCTTATCTCAAAAGAATCTTTTGAACCTTTTATTAAGTTATTTCAATCATTGCTTTGTTTTCCTCAATACTTAAGGGTGTTTCCAATATCTTTATTAAGTCCTCATTTTCTCCTCAGTCTTGTGCTTT 4 1 5' arm Beta_vulgaris mirnest 100 100 -170.4 ...........((((((((..(((..(((((((.(((((((((.((((.(((.....)))))))...(((((((((..(((((((((.((....(((((.((((((((.((((.....((((...........)))).......))))...))).))))).)))))(((((.((((((.............))))))))))).(((((((((.....))))))..))).((((((((........))))))))((((((...((((...((((((.(((........))).))))))..))))....)))))).)).)))))))))..)))))))))..)))))))))((((.((((..(((((.((((..((((.(((((..(((((((.(((((((..((((.((...)).))))..))))..(((...)))..))).))))))).))))).)))).((((..(((.(((.((((......((((((((((((((((....((.(((((((...((((.............))))))))))).))...))))))))))))..)))).......)))).))).)))...))))..(((((((...))))))))))).)))))..)))).))))...((((............))))(((((((((((((...)))))))...))))))...)))))))..)))...)))))))).. (-170.4)