mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATAACATCATGAGCAATCA ATTGCTCATGATGGTATGCAA GATTCAAACTTTCGAAGAATGATATAACATCATGAGCAATCACTCTGCTGCAACATTCCAAGGGTAATTGCTCATGATGGTATGCAATTCTAATTAAAAATGGCC GCTTGGTTCCTCTGTCTGTCACCCAGCTATATTGGCAAGTACAACGGCGCCGATTATTGGGCTCCGGCTATGGGAGGAGGGTTTTGATGGGTGCAATATTCCAAGGCTGATTCAAACTTTCGAAGAATGATATAACATCATGAGCAATCACTCTGCTGCAACATTCCAAGGGTAATTGCTCATGATGGTATGCAATTCTAATTAAAAATGGCCATTAATTGTTTCTGAACCCTCTAACTAGCTAGTCTCACCCTTTCTGTCTGTTGATGTTTTCTTCCAGCTATGTTATAGAGCTCCATGAAAATTGAAGTTTAATTAGCATTTTTCTTTCATCTCAAAATGCTTTATCCAGGATTGGCATTCTTTCTTCTTATATTATTGAAGAATATAATGGTTTGTGCCTCTATTTAATCTGT 3 0 5' arm Populus_tremula mirnest 100 100 -30.5 ...............(((((..((((.(((((((((((((.(((((..............))))).))))))))))))).))))..))))).............. (-30.5)