mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA AAAGAGGGATTTTAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCTGCGATTTCATTGCCAGATGGCTAAACACGATTGGCTGTGAGGCAAATTATAAAAAGAAAGAGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGCGGTGAAGACTCCGCCGCCGC TCACTCCTAAATAAGTAGTATATAAGTAGGGCTATTTACGGAAAATAAATTAAAATTATATTTTTGTAGAGAAGGAAAGAGGGATTTTAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCTGCGATTTCATTGCCAGATGGCTAAACACGATTGGCTGTGAGGCAAATTATAAAAAGAAAGAGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGCGGTGAAGACTCCGCCGCCGCCGAAGCAGAGGCAGCAGCGTTAGATCTCTATAGCGTGCTCTTTATATCTCAATCAGATCTCAGGTCTTCTCATATTTTTACTACAAGAAAAGGAGAATTTTATTTTGATTTGATCACTTATAATAGATCTTGGCCCTCTTGTGGTTGAATCGAATACACTGTAGTTGTTCTTTGCGAA 2 0 3' arm Populus_tremula mirnest MIR168 2e-78 ptc-MIR168b 2e-68 -72.1 ......(((.(((..((((((.((((((((.(((((.((((((((((.(((((.((((((((....((((.(((((..((((((((......))))))))..))))).((.....)))))).)))))))).))))).)))))))))).))))).))))))))))))))))).)))........ (-72.1)