mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCCAAGGATGATTTGCCGAC TGGCAGGTTTTCCTTGGCTAC GTTGCTGTCTCACTGTAGCGGCCTTGCATGGAGGCTCATAAAGTTTGATGCAGCCAAGGATGATTTGCCGACGACTCAGTTTTTGCTTCCATATGGTAGGAGAGATGAAGAGGTTGGCAGGTTTTCCTTGGCTACATTTTCCTTTCTGCTCCTCATGCTAGGTTTATGGTGATGATCCTTATA CTTACGGCCGGGGATCCAATCCTTCTTCTTGATATTCACCACAGAAAAACTCTCTTTTTATCCTTCCATCTCTCCTTCTAAAGCCTCCAGGACAAGGTGTCGTTCTTGCTTCAGTTGCTGTCTCACTGTAGCGGCCTTGCATGGAGGCTCATAAAGTTTGATGCAGCCAAGGATGATTTGCCGACGACTCAGTTTTTGCTTCCATATGGTAGGAGAGATGAAGAGGTTGGCAGGTTTTCCTTGGCTACATTTTCCTTTCTGCTCCTCATGCTAGGTTTATGGTGATGATCCTTATAACTTGTAAGGAGCTCCTTGAAGAACACTACTGCTTCTCTGCAAGAAAAATCATTGTAATGAAAACATTATATCTCATTACTGTTACATATATATGCTACTTTATGGATCGACTAGGGCTTCTAGGCTTCCTCCCTCTAACAAAATCTCCACGCATAAACTTGAGGAATAATTTTAAATTCCAGTAAACCTCCTAGTTTTTTCTATTTAGATATAAATCAATCA 1 0 5' arm Populus_tremula mirnest MIR169_2 1e-45 ptc-MIR169c 2e-43 -65.4 ......((((((((((((..((((.(((((.(((..((.((((...((((.(((((((((.(((((((((((..(((.((((((.((.((....)).)).))))))...)))))))))))))).))))))))).))))...)))).))..)))))))).))))))))))))).)))....... (-65.4)