mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GCAAGTGTCCTTGGCTAAC AAGGAAGGTACTGAAGAGAGATCCAACATGAAGATAAAGAGTCTTGTTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTAGCCTCCCTCGGATTCAAGAACACGAGCATTTATGCAGTGCTCAAAAGAAAAGGAGAGAATGATCCCAGCTTGCTGCGCGCTACAAGGTCAATCCATGGAAGCAGCGAGAAGAAGGTGGTTTATAGCTAGAATCCTCATGAGGTTCACAGCAAGTGTCCTTGGCTAACGAGACGGGCTCTTATCTTTCATGTTGGATCTGTTCTTCGTGTGCTCTG TTCGGCCTTTACGGCCGGGGAGCTTTGCATTGTAACAGATGGCTCCATCTTTTGTATTAATCGAAGGAAGGTACTGAAGAGAGATCCAACATGAAGATAAAGAGTCTTGTTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTAGCCTCCCTCGGATTCAAGAACACGAGCATTTATGCAGTGCTCAAAAGAAAAGGAGAGAATGATCCCAGCTTGCTGCGCGCTACAAGGTCAATCCATGGAAGCAGCGAGAAGAAGGTGGTTTATAGCTAGAATCCTCATGAGGTTCACAGCAAGTGTCCTTGGCTAACGAGACGGGCTCTTATCTTTCATGTTGGATCTGTTCTTCGTGTGCTCTGCTGGGCAAGTTTTTGATCAGAAGTCGCTTTGGAAGAGACGATGTATCCAGCTAGCTTCCAAGAGGTATATGCTCTTCGTGTGCTCTACAATTTATTTGATTTGTTTCCTTTTAAAATAGAGCCATAGCTCCTCTGTATTCTCTTACGGCGGCTACTTTACATGACAGCAATATACCACAGGGTT 0 2 5' arm Populus_tremula mirnest MIR169_2 2e-79 ptc-MIR169k 1e-76 -105.7 ......(((((((((((((((((((((((((((((((.((((((..((((.(((((((((((.((((((.(((((((((....((((((.((..(((..(((....))).)))(((..........))).((((.(((....((((((((...(((...((.....)).)))..)))))))).....))).))))....)).))))))....)))))).)))))))))))))))))))).))))..))))))))))).)))))))))))))).))))))).)))))... (-105.7)