mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAATAG GATGAGTGATGGATTATGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAAGCTCCTGCTGGGTAGATCGAGCTGCTGAGCTATGAATCCCACAGCCCTATCACCATCTGTTATTTTGACGGGCCTGCGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTATTACCTAATGTTGGATCTTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTAAACCTTTGATCTTTTCAGCC GAACACCGAAATCTCTGTGTTTCTCTTTCACCTCTGTAGATATGCAGTTGGCTTCAACTATGAAAACTTAGGAAGTGCGTTTAGATGGCTTCTTTTTTGTTGGTTTTCTCCTCAAACCCTACAGTTCTTCCTTGTATTTTCTCTTATTTTTTATGGATTCTATATTAGTTATGGGGAACAAAATTGATGTGTGCCATCTCCAAATTTCTCAGGCCTTGCATCTTCTGGTCTTTTATTTGTTTTCTTCAAGACGACGTCTCTTGTCTAGGGTTAGGGAAGAGAGATACGTTGAGGTCATACAGATCTGTAGCTGTATGCGAAATAAAACTGGGATACAGTGGTTTAACGTGATATTAGGGTTGTAATCTATGTATTTACTGCTGTTTGTTTGTTGTTGGTTTGTCAGGAATGTGTTAGGGTTTCGATACCGTGTAATTTCAAAAGCTGAGATGAGTGATGGATTATGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAAGCTCCTGCTGGGTAGATCGAGCTGCTGAGCTATGAATCCCACAGCCCTATCACCATCTGTTATTTTGACGGGCCTGCGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTATTACCTAATGTTGGATCTTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTAAACCTTTGATCTTTTCAGCCTTCTGCATCTTAAAATCTTTTGTTTTTTAGCAGTTTTCTCTTGTACAAATTCATCAACGCTGTTTGGAATATTTTATCTGCTTAAAGTACTTCGTTTTCACTCTTTGCCTT 3 0 3' arm Populus_tremula mirnest MIR159 4e-67 ptc-MIR159b 2e-81 -76.1 ..((((....((((((.((..(((((((((((..(((((((.(((((.(((.(((((((((...(((((.(((((.((((....((.(((.(((.(((.............))).))).))).))....)))).))))).)))))..)))))))..)).))).))))).)))))))..)))))))))))..))..)))))).))))... (-76.1)