mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTAATCCTTCTTTGCAAAG TTGCTAAGATAGATTTACTAGC TAATTGCGTTTATGATTAAGCTAGTAATCCTTCTTTGCAAAGTCATTTATTATTTTTCCTTTAATTACTATAATCAATGACTTTGCTAAGATAGATTTACTAGCTAAATCTTAAAAGCTTTT GAACATTACGAATATATATTCTATTTGTGCAATCAAATGGAATATAAAGTTTTTTACCTATAATTATCATTAACATAACTTTAATAGATGGATGGATACTGTTTAGCAGTGAAGTTCGGATAAGGTACTTTATATAATTATGTATAATTGCGTTTATGATTAAGCTAGTAATCCTTCTTTGCAAAGTCATTTATTATTTTTCCTTTAATTACTATAATCAATGACTTTGCTAAGATAGATTTACTAGCTAAATCTTAAAAGCTTTTTGAAGCGAAGCGACGCCACATCGGAGGAATGCTTCAGATCCCCTCAACAAAATCTACAGATATGCTTGCTTGATTCTTTAGGTATATGTACTGTCTTATGTATTTGACAAACTATAATTTTTATTGATTTTTCAGGCTGCTACAACAAATAGTGTTGTTATACTACTTGTTTCCATTCTGCTAATAGGGTTATGTTGCACGGTGCAACCATTGCTTTGAATGTAGGATCCTCTTTGTTTTTGCCTTTGAAACTGCTTGTAATATTGGATCCTTTTTTTTTTTAATTTAATCTATATTCCATTCAGTTCAAAA 3 1 5' arm Populus_tremula mirnest MIR476 4e-41 ptc-MIR476a 1e-44 -39.3 .....((.((((.((((.(((((((((((..((((.(((((((((((.(((((................))))).))))))))))).))))..)).))))))))).)))).)))).)).... (-39.3)