mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAAAGGGATCGCATTGATC TCATGCGATCCCTTAGGAAT TGTTATCAAATCCTTAGTGCAGTTGGAGTGTTCCAAAGGGATCGCATTGATCTAATGACTTTCGATGTCTATATGATGTTAATGTTTAGTCATTTCATTGGATCATGCGATCCCTTAGGAATTTTCCAGCAAATAGCTCTAAATTTTCAC GGGGCCTTTCCGTGTGCTGCTCCAAGAGCAATTTACATGGAAAACCTACAACAGCTCNTCAGTTGTTATCAAATCCTTAGTGCAGTTGGAGTGTTCCAAAGGGATCGCATTGATCTAATGACTTTCGATGTCTATATGATGTTAATGTTTAGTCATTTCATTGGATCATGCGATCCCTTAGGAATTTTCCAGCAAATAGCTCTAAATTTTCACCACCCTTTAAAGAATATGTATCTTCTCATCGACAGCTTTGGCCGTCGGCAATCACTTGATTAATCAGTTTCTATGCAAAAAATGGATCAGTTTGCTTCCCTTGTTCCAGTCAATGTAAAAGTATTTCCCACACCAGAAATTAAGGTCCTCATCTTTCAATTGCAGTATATAGTTTATTTCTCAAGGGAAATTATGAATGTCAACTGTTAAGTTCTCCATGTTAAGCTTGTATATTTGACAGACATGTTATTTTTTTAGGGTTAATGAATCCTTTATTCTGGTTATGCCN 1 1 5' arm Populus_tremula_x_Populus_alba mirnest 100 ptc-MIR393d 1e-53 -50.3 .............((((.((.(((((((.(((((.((((((((((((.((((((((((.....((((.(((.((.........)).))).)))))))))))))))))))))))))).))))).))))))).....)).))))........ (-50.3)