mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAGGTTCGAGCCCTAGGTTG GCCTAGTGGTAAGAGATTGGGA CTTTAGGTGGTGGCCTAGTGGTAAGAGATTGGGATAAAGAGGTTTGCTCACTCTATGGTCTCAGGTTCGAGCCCTAGGTTGCTCATATGA GACCTTTAGGTGGTGGCCTAGTGGTAAGAGATTGGGATAAAGAGGTTTGCTCACTCTATGGTCTCAGGTTCGAGCCCTAGGTTGCTCATATGATGGCCACTAGAGGCTTACATGGTCGTTAACTTTAGGGCCCGTGGGATTAGTAGAGGTGTGCGCAAGCTGACCCGGACACCCCCGTTAAACTAAAAATAAGCAA 3 1 3' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest 100 100 -29.5 ......((((((((((((.(((..(((.(((((((..((((.........))))...))))))).)))..)))))))))))).))).... (-29.5)