mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA CGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCTGCGATTTCATTGCCAGATGGCTAAACACGATTGGCTGTGAGGCAAATTATAAAAAGAAAGAGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGCG TATATTTTTGTAGAGAAGGAGAGAGGGATTTTAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCTGCGATTTCATTGCCAGATGGCTAAACACGATTGGCTGTGAGGCAAATTATAAAAAGAAAGAGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGCGGTGAAGACTCCGCCGCCGCCGAAGCAGAGGCAGCAGCGTTAGATCTCTATAGCGTGCTCTTTATATCTCAATCAGATCTCAGGTTATGGGGGCCAAGCCAAACTCGATATGGTCAATTCTGCTGTCTGTAGCTCCTGCTAGCAAGCTCCATTTTCTGACTGGAATGTGGTCATGGATGGCTTTAGTTCTTACAACAGAGAGAGAATCCAATGTGAAAAGCCTAAACTTACTCTGAAGGGTTGCCACATTGTCTCTCTTGTTGCTGCCCAAATTGTCAAGGTATCTTTTTTTTCTCTCATCATCTAGTCATCCCATTTGGTGTTTATTTGCCAACACTCTTGGCACGTTATACATGTATTATTTAATTTTTGTCCTTGGTTGGTCTTTTCCTTTGGACATATATTATTATTCTCCCCCCCAAAAAA 2 0 3' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest MIR168 1e-72 ptc-MIR168b 2e-68 -64.2 ..(((((((((.(((((.((((((((((.(((((.((((((((....((((.(((((..((((((((......))))))))..))))).((.....)))))).)))))))).))))).)))))))))).))))).))))))))). (-64.2)