mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA CGGCGGTCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGCTGGCTGGACATGACTGGTTGTTATGGAAAAAGAAAAGGAAGGAAACAGGAAAAAACAAAGAATAGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGGCCGCG GGTATTTTTAGTCGTGTGGGATAACCGATCAGAGAAGGAGAGACGATTTAGTTACCGGCGGTCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGCTGGCTGGACATGACTGGTTGTTATGGAAAAAGAAAAGGAAGGAAACAGGAAAAAACAAAGAATAGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGGCCGCGGTGAAGCAGAAGCCGCCGCCAAATAAGCTGGATCTCTAAACCGTGTTTTTATATTTCAGTCGGATCTCAGGTCTTATCTTATTATTTTTTATTTCTATAAATCTTGAATTCATTTCTTACACCTACAGAAAATAAACAACTATAGATCTTGCGTTTCTTTTGGTTGAATCAAATCAAATTGAATAAGTGTTTCTTCTAGCCTCTTAATTCTCAATTTAATTTACGAATTTAGGCTAGAAAACTCTTTTCACTATTTTTAATTTATTTCTGAAAAGTCAAGGCTTTGGTTAAA 2 0 3' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest MIR168 6e-35 ptc-MIR168a 7e-34 -64.8 ..(((((((((((((((.((((((((((.(((((.(((((((((((((...)))))).((((.((........(((.((.((...............)).))...)))..........))..))))))))))).))))).)))))))))).))))))))))))))). (-64.8)