mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA CCCGCCTTGCATCAACTGAAT CCGGCGGTCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGCTGGCTGGACATGACTGGTTGTTATGGAAAAAGAAAAGGAAGGAAACAGGAAAAAACAAAGAATAGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGGCCGCGG GGTATTTTTAGTCGTGTGGGATAACCGATCAGAGAAGGAGAGACGATTTAGTTACCGGCGGTCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGCTGGCTGGACATGACTGGTTGTTATGGAAAAAGAAAAGGAAGGAAACAGGAAAAAACAAAGAATAGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGGCCGCGGTGAAGCAGAAGCCGCCGCCAAATAAGCTGGATCTCTAAACCGTGTTTTTATATTTCAGTCGGATCTCAGGTCTTATCTTATTATTTTTTATTTCTATAAATCTTGAATTCATTTCTTACACCTACAGAAAATAAACAACTATAGATCTTGCGTTTCTTTTGGTTGAATCAAATCAAATTGAATAAGTGTTTCTTCTAGCCTCTTAATTCTCAATTTAATTTACGAATTTAGGCTAGAAAACTCTTTTCACTATTTTTAATTTATTTCTGAAAAGTCAAGGCTTTGGTTAAA 3 0 5' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest MIR168 1e-35 ptc-MIR168a 8e-34 -64.8 ...(((((((((((((((.((((((((((.(((((.(((((((((((((...)))))).((((.((........(((.((.((...............)).))...)))..........))..))))))))))).))))).)))))))))).))))))))))))))).. (-64.8)