mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGCGTCGGGAA CGGCGGTCTCTGATTCGCTTGGTGCAGCGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCGCACGCTGGCTGGACATGACTGGTTGTTATGGAAAAAGAAAAGGAAGGAAACAGGAAAAAACAAAGAATAGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGGCCGCG GAAATTCAGAAATAGCTTAGGGTATTTTTAGTCGTGTGGGATAACCGATCAGAGAAGGAGAGACGATTTAGATTACCGGCGGTCTCTGATTCGCTTGGTGCAGCGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCGCACGCTGGCTGGACATGACTGGTTGTTATGGAAAAAGAAAAGGAAGGAAACAGGAAAAAACAAAGAATAGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGGCCGCGGTGAAGCAGAAGCCGCCGCCAAATAAGCTGGATCTCTAAACCGTGTTTTTATATTTCAGTCGGATCTCAGGTCTTATCTTATTATTTTTTATTTCTATAAATCTTGAATTCATTTCTTACACCTACAGAAAATAAACAACTATAGATCTTGCGTTTCTTTTGGTTGAATCAAATCAAATTGAATAAGTGTTTCTTCTAGCCTCTTAATTCTCAATTTAATTTACGAATTTAGGCTAGAAAACTCTTTTCACTATTTTTAATTTATTTCTGAAAAGTCAAGGCTTTGGTTAAAGCTTCTAAGCTGTGAAATCTGGTTAGGAAATTAATATTATCATCTATTCTGTGAGATGCTGGGGTTTGATTGTATTCTAGCGATTGCTTTGTGCGGTGTGATTCTCAAAATTCGTGGACCAATGGAAAACTGGGCTGACCAACCGCTTCCATACCTGTTGCTTTCAATTC 2 1 3' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest MIR168 2e-22 ptc-MIR168a 3e-21 -60.4 ..(((((((((((((((.(((((((((.(.(((((.(((((((.(((.........)))..((((.((........(((.((.((...............)).))...)))..........))..))))))))))).)))))).))))))))).))))))))))))))). (-60.4)