mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCTAATCATGGCACTGCAAT TGCAGTGCCTTGATCAGGGCT GGCTCTCGTGAACGAAGGAGGCCCTAATCATGGCACTGCAATTCTAAATATCTGTTGGCATGTTGCGATGCCAGACGTTTGAAATTGACATATCATTTGTTAATCAGAATTGCAGTGCCTTGATCAGGGCTTTGTTTGTTCCTGTAACC GCCGGGCCCCATAACCCACGAGATAGGAGTTAAATAACAGCACTACATCCATTTCCTTTGTTTTTCTGAAAGAATATTTCTAGGCATGTGTTAATACAAAGAACAGTCTGTTCCACAATTGATTGCTCATTAATGGATCTATTATAAAACGAGCCTTCTTACAGATTGTAGACTTCATAACCAGGATTGCAGTTTCAAACTCTCTTATTAAGAATGTAAGATGATGGTAAGCCGGGAGGCTCTCGTGAACGAAGGAGGCCCTAATCATGGCACTGCAATTCTAAATATCTGTTGGCATGTTGCGATGCCAGACGTTTGAAATTGACATATCATTTGTTAATCAGAATTGCAGTGCCTTGATCAGGGCTTTGTTTGTTCCTGTAACCGCCAGGCTAGGGGAGGGAAATGCTGCTGTAAATGTGACCGCTGCTATTGTTAGGAATGAAAGAGGTGCTGGAATCTTCGAGAGAGATCATCAAGTTGGCTAGGAAATCATCAGACATGCTATTTTGTTGGAATCATTCAGCAGATATTAGGAACTTTGATGTTATTTGCTTTTTCTTCATGGATGATCTTATCATCCGATTGTGATCCCGATTTTCTTGTAATGGTATATTTACTGCCTATTTAATAGAAACTTATTTCAA 2 0 5' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest 100 ptc-MIR1447 2e-37 -58.5 ......((.(((((((.((((((((.((((.((((((((((((((((((.((...((((((......)))))))).))))...(((((((.......))))))).)))))))))))))).)))).)))))))).))))))).))..... (-58.5)