mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAG TATGTGACCCCCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCACCTATTAGATTTATGTTGATGTTGTTGTGCGATATGCCATGACCATATGACATTGTATTCATTTTTGCTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAAACAGGATCAAAG ATATTTGACTTCTCTTTCTCCCTTAGCCCTCCTGACCTTTCTCTTTAGAAACCTTTCTAGGGTTTGTTCATTGGAGGGCTTTGAAGCTATTAGAATCTATTTTTAGGTGTGTTTGTATGAAGCCCTTTCATGGAGAGCTTCGAAGCTTCGAAATATATTTTTTGGTGTGTTATTATGTGACCCCCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCACCTATTAGATTTATGTTGATGTTGTTGTGCGATATGCCATGACCATATGACATTGTATTCATTTTTGCTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAAACAGGATCAAAGAGAGTTGCTATTTCTTCGTCGGACTCGATCGGCATCAATGATCGGTGTATAAGTTCTTTTATCATCTAAACTTTCTTGAAATTTTTTGTTTGATAAATGATCTCCTGAATCCCAATTGAGTTTAGGGTTTTTTAGTATTCTTTTTCCTAATTATTGCCTGCAAATATTCTTATGAATCTTTCAATCTCTTGTTTCTCGCAAGTTTCATGCTTTGAAGGAGAACAAGAAGGGGTATATGGCTACTTCAAATTAAAGGGCTTTCCGTTCTTTAACCAGACATCATTTTTACTTATCTATTCATGATTTAACCAGTGCATTATTTTA 1 0 5' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest MIR396 5e-69 ptc-MIR396b 2e-68 -51.6 ....(((.((..((((((((.((((((((((((.((((((((((.....((((...(((.((((((((((((((.....).)))))).....)))))))....))).)))).)))))))))).)))))))))))).))))))))..)).)))... (-51.6)