mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTTGTATTCTTCCACAGCTT ACTGGGGGAAGATACAAACAG GGTGTGTTTGTATGTGACCCTCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCACCTATTAGATTTATGTTGATGTTGTTGTGCGATATGCCATGACCATATGACATTGTATTCATTTTTGCTGCGGATCAATAAAACTGGGGGAAGATACAAACAGGAGCAAAGAAAGTTGCTA TATGGCCGGGGTACTACACCTACCTTTCCAATGCTGCTCCTGCTCTGCTCATCTACTATATTATGACTTGCTCTTTCGCCTCTTAGTCCCTGCTTGACCTTGTGCTCTGTTAGTAAGACCTTTACTAGGGTATATGTTGCATTGGAGGGCTTTGAAGCTATTAGAATCTATTATTAGGTGTGTGTGTATGTAGCCCTTTCATGGAGAGCTTCGAAGCTTCGAAATATATTTTTTGGTGTGTTTGTATGTGACCCTCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCACCTATTAGATTTATGTTGATGTTGTTGTGCGATATGCCATGACCATATGACATTGTATTCATTTTTGCTGCGGATCAATAAAACTGGGGGAAGATACAAACAGGAGCAAAGAAAGTTGCTATTTCTTCGTCGGACTCGATCGGCATCAATGATCGGTGTATAAGTTCTTTTATCATCTAAACTTTCTTGAATTTTTTGTTTGATAAATGATCTCTTGGATCCCAATTGAGTTTAGGGTTTTTTAATATTCTTTTTACTAATTATTGCCTGCAAATATTCCTATGAATCTTTCAATCTCTTGTTTCTCGCAAGTTTCATGCTTTGAAGGAGAACAGGAAGGGGTATATGGCTACTTCAAATTGAAGGGCTTTCCGTTCTTTAACCAGACATCATTTTTACTTATCTATTCATGATTTAACCAGTGCATTATTTTATTATTCCCAGAGAGCTAATACTCGTAGACATCACTACAGAATTTTCTCTCATGTTATTTTACAGAGTATTTTGGATGCATAGCTTCCTCCCAGCAGTGGCCTTCCATTTGCACTTGCATCAAAAAGAGACC 3 2 5' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest MIR396 8e-62 ptc-MIR396b 3e-61 -43.7 ((((..(((...(((...(((.(((((((.(((((.(((.(((.((((.(((((.....((((...(((.((((((((((((((.....).)))))).....)))))))....))).)))).))))).)))).))).)))..)))))))))))).))).)))..)))...)))). (-43.7)