mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGAGTGCAGCGTTGATGA ACCAGCGCTGCATTCAATCA CTTTCCTGGATTGGAGAACCATCATTGAGTGCAGCGTTGATGAAATCCTACATTTTGTGCTCTTAAACTGTTACCAACCCTTTATCCATGGCATCATTTCACCAGCGCTGCATTCAATCATGTTTTTCTAACTCTTCCGG GGCCGGGACTGCGATTGAAAGAGAGCTAGCTAGGGGAGGCTTTCCTGGATTGGAGAACCATCATTGAGTGCAGCGTTGATGAAATCCTACATTTTGTGCTCTTAAACTGTTACCAACCCTTTATCCATGGCATCATTTCACCAGCGCTGCATTCAATCATGTTTTTCTAACTCTTCCGGGCATGGTTTTGAAGAAACTTTTGTTGGATTTTAAAGGAAAGTGCCGTTGTGGATCCTAATTGTGGGTGCGAAACAGGCGTTTGCGTTGTCTGTAGAGCTCGCTATTTATGATCCATGTCTACAGGGCGGGCGCTGTAGCTGTTCTTGTGTAGCCCAACTTTGTTTCATTTTCTTTCGATATATGTAAAAAGGTGAATCATCATGGAAGAGGCATTCCCTTCTCTCTGTTATGAACAAGATTGGATTCCTTGTCTGTGATTAATTTGCTAGTTTCAGGCTAATGAATTCATCCTATTTTTGCAGCACTTTGAGAGTGAAGTTTAGTATATTTGCACTGATGACAATGATCCACAGCCTCCTTCACCATAAAATGCACAGCTATTCTTATATTTCTTTTGTGCAAACCTCGTATTTGTCCCCCAACTATCTATTGATTCTCATCTAGGTCCCCAAACTATCAATTCTCTCAATGTCTATTAATGGTTGAATGTGTAAGTTGCATATATGACACACAAAGTGTAGGTGTGGGTTGAGGAAAGTTTGGGGAGATTTTAAATGGGG 1 0 5' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest MIR397 3e-42 ptc-MIR397a 3e-48 -42.4 .....(((((((((((((.(((.((((((((((((((((.((((((..........(((((..((((..(((...)))..)))).....))))).)))))).)))))))))))))))).))).))))))))....))))) (-42.4)