mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGGTGCAGGTGCAAGTGC ATTTGCACCTGCATCTTATTG ATTATGCATGCCAATATGTTGCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTATTGCTTTTGTTTTGTTCTTGACTCCACAAACAAAATCAACTTCTGTCGATACAGTATGTGGTACAATTAGCTATGGAAACTCATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAAGTGCAGGTGAATGCCATTTTGGTAATGTTTTTC TCTCATTGTATATAATACTACTGGTTATAGAGAGTGAGTGACAACTAGTAGCTAGCAGTTGTATATAATACTGCTAATTATGCATGCCAATATGTTGCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTATTGCTTTTGTTTTGTTCTTGACTCCACAAACAAAATCAACTTCTGTCGATACAGTATGTGGTACAATTAGCTATGGAAACTCATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAAGTGCAGGTGAATGCCATTTTGGTAATGTTTTTCACTCATATATATACACAGCAGTGCTGCCTCTTTTCTTTTCTTCTGTCTGTGGTTAATTGGCAGCTTCATGGTGGCAGAAATGTACTGGGAATCATCAAGGAGAAAGGGCAAGAAATTCTTGTTCTTATTAATTAACTATGAGAGCAAATTAATGTGTTTTCAACAACGACAGGCCATGTATAAAATTCTTTATGCAGGTGCTTGGTGTTTATAGAGGTGATGATGAACTGAAGTGACTGTGCAGCCACAGTTCAATGGATGTGGAAGAATATTACAAGGGTTTTCCAGGTAATCTTTGAATTAAGTACTTGGAGGACAGATCTTCCATGATCAATATGCAAGGCGCCTGTGCTGGATATGTAGCTAGATCTCTTGATCTTCCATTTGAAGCTAGGGTTTTCATATAGGAAGTTCATTCCCTCTCTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 0 3' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest MIR530 7e-75 ptc-MIR530b 4e-76 -65.3 .....(((((((((.(((..((.(((((((((((((((((((((((((((..((((.((.....((((.....(((((.((...(((.((....)).)))...)).))))).............))))...)).)))).....))))))))))))))))))))))))))).))))).))))).))))..... (-65.3)