mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAGGGAGAATTGCCCTG GGGCTTTATCCTCCTTTGGCAAA AAAGAATAACAGGGCTTTATCCTCCTTTGGCAAACAGAACATGGAAATAAATGCCTGCATATTTCTGTTTTGCCAAGGGAGAATTGCCCTGCCATTCGA AGCATGCTAGCTATAGCTCGCTGGTTGATGATGGAGCTAGGCAATGCATCTATCATTTATGGCTAAAGAATAACAGGGCTTTATCCTCCTTTGGCAAACAGAACATGGAAATAAATGCCTGCATATTTCTGTTTTGCCAAGGGAGAATTGCCCTGCCATTCGATTCCACAGTTACTTGAATGCGTCTCTTGTTCTTCATGAATATCATCATGATATGATATCTCTTGCAATTACTTTTGGGTCAGATTTTTTATCTCCCTTGCATAAAAATAATCTGTTATTTCACTTTTTAGCAGAAATGTCAGAAAAATATTGCAGTATGAATCGATGAGGGCTAGCACTTTCCGATCAACTGGAATAAAGGCTGCACAAGCTATTAATGTAAT 2 2 3' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest mir-399 9e-48 ptc-MIR399f 5e-49 -37.9 ...((((..((((((...((.((((((((((((((((((...((.........)).......))))).))))))))))))).)).))))))..)))).. (-37.9)