mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCCAGGATCATGTCATGGTG TCATGATAGGGAATTGGGAGT TACATAATGGTACATGTTCATGCATGTACCAGCCCAGGATCATGTCATGGTGTGTGCGTATGCATGGATCTGGTATACATGCATGCATGCATACATGTCTGTAGATATCATCACATCATGATAGGGAATTGGGAGTACGCAGATTTTTAGAATGCCCGTTATTG GAGGGACAGAAGTCCAGCCGGGGAGGAGAAAAGGGCGATGGACCTTCATGGTGAAGTCATGGCATGTGGTTATGAAGATGTTCAAGTGATGTGGTCGATTCTTGACAAGTCCAAATCCGCCACCTGCGACATGACCGCTTCTTGATCCCCTCCCCTAGCTATACATAATGGTACATGTTCATGCATGTACCAGCCCAGGATCATGTCATGGTGTGTGCGTATGCATGGATCTGGTATACATGCATGCATGCATACATGTCTGTAGATATCATCACATCATGATAGGGAATTGGGAGTACGCAGATTTTTAGAATGCCCGTTATTGGATTAGGAATCGGTGATGCTGGAGGAGGTGGTGTGTGGTGGGAGATCTCAGTATGTAATAGGGAATCCCTGTGATCAATGGAAATCACGGTGAGATCTAA 3 2 5' arm Populus_tremula_x_Populus_tremuloides mirnest Clostridiales-1 0.0001 rno-mir-297 0.000008 -51.2 .......((((((((((....)))))))))).(((((..((.(((((((((((((((....)))).((..((((((...((((.(((((....))))).)))).)))))))))))))))))))..)).))))).....(((..((....)).)))......... (-51.2)