mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTCCAGGCTCTTTTCACTGA GGTGGATAGAGCTTGGAGGAA CTCCGTACATAATTCCAGGCTCTTTTCACTGAGCACTGAAGAGGAACGATTAAATAGAGGATGGACGTATATATTTTCTTTCTCCATTGATTCTTTGGGACCTTCAGGACTGGTGGATAGAGCTTGGAGGAAGCTCCAGC TTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAATTTGACTATTATAATTAAGAGATCCAAAATAAAAATGTTATAATGTAGCCACCCAAAAAGGCTCCCAGTTTAACAATCCTTTGTTCTCTACTTCGCCTTCTTTGCACCTTCTTGGTCTTTGAAACTCCTCCGTTCCAGGTTCAGTATCAATGTCCGAATCATCACTTCCCACCTCTTCTTCAAAGGACGCAACATTTCCTTCCCCAACATCACAGTCATCTACATCATAATCCATGTCATTTTCAATCTCATCTTCTTTGTTATTGCCTTTATTTTCTTCAGTGGAGGCTACGCCTATTAAGTCAAAAACAGAAGAGGAATCTTTGACAAAGCTTAATCGAAGGCGGCCATCCTTTCTTTCAGCATGTAAGCAAGTGTGTCTTGATGGAGCCTCGACGGCTCTGATTATCAACCTTCCATCTTCGCGGTGGGGCCTAACTTGTAGAGATTTTGATCCACGCATCGTTGTCAATGGAGGTGGAAAACTACGAGAGTTCGCTTTCTTAGCTCCCAAAAGTCGATGCGATTTCTGTTGCTCCCTTGCTGGAGAATTTCCTACTCTTGAGTCTGATGAAGACAGTGAGAAAATGCTGCTTTCAATGATATCACTTCCACTTTCGCTACCTAAATTCTCCGTACATAATTCCAGGCTCTTTTCACTGAGCACTGAAGAGGAACGATTAAATAGAGGATGGACGTATATATTTTCTTTCTCCATTGATTCTTTGGGACCTTCAGGACTGGTGGATAGAGCTTGGAGGAAGCTCCAGCCACCCAAATCAGGATTTGAAGATGTGTGCTTATCATGAAGGAAGCTACTTTTGTGGCTAGTTTCCTCG 4 0 5' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_nigra mirnest 100 100 -38.6 .............((((((((((.(((((((....((((((..(((.((((((...(((((.(((.((....)).))).)))))..)))))).))).....))))))...))))))).))))))))))(((...)))... (-38.6)