mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAATCTTGATGATGCTCCAC GCAGCATCATCAAGATTCTCA CCTTTTGTGTTGTATAGTCGTTTATTGCCGATGCAGCATCATCAAGATTCTCACTTCCAAAGAACTTTGGCAGATGAACAGAAACAAAGAGAGATTTAACTCTAACATCTCCGGCCGTGCATTTGCATGTGAATCTTGATGATGCTCCACCCGCAAACAACGATTGTCAATATTTCCAT TTTTTTTTTTTTTTTTTTCCAAGTCCTTTTGTGTTGTATAGTCGTTTATTGCCGATGCAGCATCATCAAGATTCTCACTTCCAAAGAACTTTGGCAGATGAACAGAAACAAAGAGAGATTTAACTCTAACATCTCCGGCCGTGCATTTGCATGTGAATCTTGATGATGCTCCACCCGCAAACAACGATTGTCAATATTTCCATGCACAAGACCCCTTTAGCCTTCAATTCCATGCCCCATCTTTTTACCTCCTCTCTACAAGGTTTCAAGATTGAAATTAAGCAAACATATAATATATATCTAGCAAATTCTTGTAAGGAAAAAAATTGAGAAAAACAAAGAAATATTGGACAGCACATATGCAAACCAACAAACCCACGAGCAAGGAGCTGATGTGGCATGTTGCCATTGGTTAAGGCCAAAAGGCAATACGTGAAGGGGATGCCCGAGAAAGAATCCTACAACCTTGTTTAACTCAGAACTTTAAAACAAGACAAAACCCTTTTTCAACATTAAAAATATAATAATATTTTTTTATATCAGATGAGAAAAAGAAAGAAAGAAAATCTAATAAATGGAATCAAGAACTAACGAGTTTTAGTACTTTGGGAAATCATAGATTTTTAGTTAAGTGGATCAGATTTATTTATCCGGCGAGATTCTGACAAAAACACACTCCCTCTGGTTGTGTGTGGTGAGACTAACATATAGCAAGTACCACCTCATGTCAGCTTCCGGCGAAGATCACATAAAAAGAAAGAGAACCCATTTGGTTTTTTCACTTCTTTTAGCTACATCAGCTCATCAAACCTTTATGAGAATATTATTAAAAAAAAAACTAGAATGAAAGGAAGAGTGCAAGCATGGTTGAGAGAGAGAGAGAAGAGGACTCAGGC 3 0 3' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_nigra mirnest mir-172 2e-65 ptc-MIR172b 5e-66 -50.4 ......((((((.(((((((((..((((...((.(((((((((((((((((((((.(((((....))))).)).)))..(((.......((((......))))....))).....(((((....))))).)))))))))))))))).))...))))..)))))))))))))))...... (-50.4)