mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCATATTCGGTCAACGTTCG AATATTGATCGAATATGTATG AGCTTATCGAATATTTCCTTGTTTATCCCTCGAATATTGATCGAATATGTATGAAATATGATGGTTATATGTTTCATTCATATTCGGTCAACGTTCGAGTGATAAACAGAAATAATTGGATCTTTA TAGTGGATCAAAGAATTCGGCACGACGCCTCGTGCCGAATTCGGCACGAGGCTTTTTTCTGTCTAAAATCTAAGCTAGAAATACCTGGGTAGCATCCCATTGATTGGCTGGCTTGATACAGAGCTTATCGAATATTTCCTTGTTTATCCCTCGAATATTGATCGAATATGTATGAAATATGATGGTTATATGTTTCATTCATATTCGGTCAACGTTCGAGTGATAAACAGAAATAATTGGATCTTTACCGGCTCCAGAAATGGCTACGGAGTCCATTTATAATAGAGGTGGCTTTCCCTGCAACGAAGTGAAAATTGAGGGGATGGAGCATTAAAGAAACATGGAAACGTCTCCCTCGTGCTGGATTTTGGATAGTGGACGGCAGGCCGAATCTGCTACCAGCATGCTAACGCTCAAGCTTCACAAGCAAGCAGTGACGCTGATACCATACATTTCCTGAATCAAAATAAACAGCTGTTGAAGGTGAGCAAAAGCTGGATGGCCAGGGCACGATTTGAATGCTGAAGCCTTCTATGAGGATCCGCTGGATTTCTCTGATTGCTGATGAGCCCAGAAAACCAATACATGCGGTCATAGACAGCAGCATCTAGGCTAATAATGATGCGTGCCACCGTCACTGCTATCACATCATTGAGGA 2 0 3' arm Populus_x_canadensis mirnest MIR1444 3e-39 ptc-MIR1444b 2e-40 -48.1 ......((((.((((((..((((((((.(((((((.(((((((((((((.((((((((((.......)))))))))).))))))))))))).))))))).)))))))))))))).))))....... (-48.1)