mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGGTGCAGGTGCAAGTGC ATTTGCACCTGCATCTTTTGC CATGCATGCCAATATGTTGCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTTTGCGTTTGTTTTGTTTTTGACTCCACAAACAAAATCAAGTTCTGTCGATACAGTATGTGGGACAATTAGATATAGAGTGTTAGATATGGAAACTAATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAAGTGCAGGTGAATGCCATTTTGGTAATGTTTT GGCACGAGGGCCAGTCTCATTGTATATAATACTACTAGTTATAGAGAGTGAGTGACAGCTAGTAGCTAGCAGTTGTTTGATATAATATGATAAACAGGCTGCAGGTCATACAGGCATCTCATGCATGCCAATATGTTGCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTTTGCGTTTGTTTTGTTTTTGACTCCACAAACAAAATCAAGTTCTGTCGATACAGTATGTGGGACAATTAGATATAGAGTGTTAGATATGGAAACTAATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAAGTGCAGGTGAATGCCATTTTGGTAATGTTTTCACTCACATATATATACGGCAGTGCTGCCTCTTTTCTTTTCATCTGTCTGTGGTTAATTTGCAGTTTCATGGTGGCAGAAATATTGTACTGGTAATCATCAAGGAGAAAGGGCAAGAAATTCTTGTGCTTATTAATTAACTATGAGAGCAAATTAATGTGTTTTCAACAACGACAGGCCATGTATAAAATTCTTTATGCAGGTGCTTGGTGTTTATAGAGGTGATGATGAATTGAAGTGATTGTGCAGCCACAATTCAATGGATGTGGAAGAATACTTCAAGGGTTTTCCAGTAATCTTTGAATTAAGTACTTGGAGGACAGATCATCCATGATCAATA 2 0 3' arm Populus_x_canadensis mirnest MIR530 1e-73 ptc-MIR530b 6e-75 -66.7 ...(((((((((.(((..((.(((((((((((((((((((((((((((((.(((((((..(((((((..((((((.((...(((..........)))...)).))))))...(((.(((((...))))).))).))))))).))))))).)))..)))))))))))))))))))))))))).))))).))))).))))... (-66.7)