mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGTCAATGTTCCAGTGATG TCACTTGAATGTTGACCGAAT TTTTTGAGTTTATCACTTGAATGTTGACCGAATATGGATGAAAAGTTGTTTTCCGTTTCCTTTCCTCCACATTCGGTCAATGTTCCAGTGATGAGCATAAAT GGCACGAGGGTTACATTTCATAAGGTATTTTTTGAGTTTATCACTTGAATGTTGACCGAATATGGATGAAAAGTTGTTTTCCGTTTCCTTTCCTCCACATTCGGTCAATGTTCCAGTGATGAGCATAAATGGTTGCAATTTTGCCAGTTTGAGCTGAAATGGCTGATCTCTAAGCTTGTGGCCCAGAAATCCTAGGTTTGCCACTCAGGAGTATCGGCTGCAGAGCCCTTTCATAACACTGACTGCCGTCTTCACAGAGAATTGAAAACTGAGGGGATAAGGAATTGAAGAAAAATGGCAGACCGAAATTGCCACCAGCACGCTGCCACTTCTTGCTCAAGCATCGCTACAGGTATGCAGTACACAGGTAGGGCAATAGTTAAAAATGCATCTAGAGCTAAACAGTAGGGGTGTGCAGCGGGCCTGAATAATTTGATGGCACTAAGGGTTTTGGAACATCAAATTCTTTGGGCCAAGGCTTTTGGAAAATAACATGGAAAAATGGCAAGTGATTCAG 1 0 3' arm Populus_x_canadensis mirnest MIR1444 1e-40 ptc-MIR1444a 5e-43 -41.2 ..((((.((((((((((.(((((((((((((((.((((.((((.................)))).)))).))))))))))))))).)))))))))).)))). (-41.2)