mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTCCTACTCCACCCATTC GTGGGAGAGTGGGAAAAGAA GGAGAGTTGAAAAGAAGGGTGGGGATAGGAAAGGCTTGAGGAAGCTGTTGGAGTGGGAGAGTGGGAAAAGAATGGATCTCTTTGGTTGGTTCAAAGGGAACAAATTTCTTTCCTACTCCACCCATTCCTGCAATTTCCTTAGGTTTCTCCCTTTCCCTTTCCTCTTCTTGTTAGAA GGCACGAGGCCATGGCCATGGAAGAAGAAGGATAAGGAGGAGAGTTGAAAAGAAGGGTGGGGATAGGAAAGGCTTGAGGAAGCTGTTGGAGTGGGAGAGTGGGAAAAGAATGGATCTCTTTGGTTGGTTCAAAGGGAACAAATTTCTTTCCTACTCCACCCATTCCTGCAATTTCCTTAGGTTTCTCCCTTTCCCTTTCCTCTTCTTGTTAGAATTTTTGGTTGAAATAGAAGTTGTTGAGGTTTGAATTCATTCCTGTACTAGTGTTCTTTTTCCTTCTTTCTGGTGTTGTTTAATTACTAGTGATTTAGAAATATTGTTGGTAAGAAACAGAAAAACTAGCGACTTATTATATATTGATTGGATCTGTGCTTTGATCTTGGCGGCGTGGGATTTTGTTTACTGATAATAATTTGCAGGTGCAATTAATTGTGGAGATGTTTTCAAAGTGTTGTGTTGGTGAAGAAGAACAAGTGATTGAAGGAGGTGGAACTTGTGTCCAAGGCATCTGCTAGGTTTTGTTGAACTTGAGATGAATAGATGTTGTATTTGTATGTAACTAATTACTTGTATTCAGCGGCAGCCAAAAACCAATCAATGAAACAAGTTTTGAGTGCTTAAAAAAAAAAA 2 1 3' arm Prunus_armeniaca mirnest 100 100 -77.1 ......((((.((((((((.(((((..(((.(((((((((((((.(((.((((((((.((((((((((.((((...(((((((((.....)))))))))....)))).))))))))))..)))))))).))).))))))))))))).)))...)))))...)))))))).)))).. (-77.1)