mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTTCTCTGTTTGATTCAG CAGAGATTAACCAGAGAGCAAGATG CACAATATACAACACACAGAGATTAACCAGAGAGCAAGATGGGGATCAAGCTGGTGGAGATTTTGGATCAGGGAGTGAGAATCGCTGCCAGATCTTATTCTCATTGCCCTCAGACTAGCCGCATGTACTACCATCCGCCTCCGCCCAGCCATGAAGACCACCACAACCTCCACAACTTTGGCGGCGGCGCCACCACTTCCGGCGGCGATGCTGCGACGGCCCAGATGCGGTGTTTTGGTCCCAAGAAGGCTGATACCAATGAGTTTATTATTCTTTTCTCTGTTTGATTCAGTATTGTTATTGAC GGCACGAGCTCTCCCTCTCTCGTCTCTCCTCTCCCATTTTATGGGCTCCGACGCCTGGGACGTCTTCTAAGTTCCAATTCCGACTTCCACTTCTTCTCCTTTTCCTCCATTTTCTTTCACTTTCTCGCCCTTTCTTTCTCCAACAATTTTAGAGAGAGAAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGGAGAGAGATATTTACAAGTCATACACAATATACAACACACAGAGATTAACCAGAGAGCAAGATGGGGATCAAGCTGGTGGAGATTTTGGATCAGGGAGTGAGAATCGCTGCCAGATCTTATTCTCATTGCCCTCAGACTAGCCGCATGTACTACCATCCGCCTCCGCCCAGCCATGAAGACCACCACAACCTCCACAACTTTGGCGGCGGCGCCACCACTTCCGGCGGCGATGCTGCGACGGCCCAGATGCGGTGTTTTGGTCCCAAGAAGGCTGATACCAATGAGTTTATTATTCTTTTCTCTGTTTGATTCAGTATTGTTATTGACGC 2 2 3' arm Prunus_armeniaca mirnest 100 100 -75.7 ..(((((.((((.((...((.(((((.(((((((.((((..((..(((...(((((((((....(((((.((.(((((...))))).)).)))))...))))...(((.((.((((((((((.............((((.(((((.((...((.((...........)).))....)).))))).))))............)))))(((((((((..........))))))))).)))))....)).)))...))))).))).....))..))))))))))).))))))).)).))))))))).. (-75.7)