mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTCAAGAAAGCTGTGGAAAA TCCCACAGCTTTSTTGAGCTT ATTGTCATGTTTTCCCACAGCTTTSTTGAGCTTTTTTTTTSTAGAGTGTTAAATGTTAGAGATTTTTAGTTATTTAATTTCGCTSTAAAATAAGGGAAATGAAAAAGAAAGTTCAAGAAAGCTGTGGAAAAATATAACCA AATCACATGGGAGGACATGTGCATACATATCAAATTGACCYCAAAAGCAGTAACCATCATACATTACTTATGAGGTGGAGTAGTTAGAATGACGTCAGATAAAACTTTTATCAACAGAAATGTACAAAGCTCATCTATACAGAACAGGAAACGSAGGAAGCTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTGTTGATAAAAGCAATTCAGATCAACTCCAAAAACAAAATTCAGAGAAGATTCGTTSTTCATTTTCATATACAGACATTTCAAAGAGTATAATATCATGATGGTTTAAAGGGAAACGTTCAAATTATGATAAAATTAGTGCCTTTAAAAGAACCGACACTTGAATCAATGAAGAAAACCCTGAATTGTCATGTTTTCCCACAGCTTTSTTGAGCTTTTTTTTTSTAGAGTGTTAAATGTTAGAGATTTTTAGTTATTTAATTTCGCTSTAAAATAAGGGAAATGAAAAAGAAAGTTCAAGAAAGCTGTGGAAAAATATAACCAGGATCTTCATGTTCTCCACCTCTAATTTSTACTCACGAACTCAACTTAAGAGAATCG 2 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR396 0.0000000000003 bna-MIR396a 3e-44 -40 ...((.(((((((.((((((((((.((((((((((((((..(.(((((.((((.(((...))).))))..))))).(((((.((.((...)).)))))))).)))))))))))))).)))))))))).))))))).)).. (-40)